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- PDB-7t5i: Crystal Structure of Strictosidine Synthase in complex with R-IPA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t5i
タイトルCrystal Structure of Strictosidine Synthase in complex with R-IPA(2-(1H-indol-3-yl) propan-1-amine)
要素Strictosidine synthase
キーワードLYASE / ALKALOID METABOLISM / SIX BLADED BETA PROPELLER FOLD / STR1 / VACUOLE / SYNTHASE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / vacuole / biosynthetic process / endomembrane system / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Strictosidine synthase, conserved region / Strictosidine synthase / Six-bladed beta-propeller, TolB-like
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2-(1H-indol-3-yl)propan-1-amine / Strictosidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Rauvolfia serpentina (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Liu, H. / Panjikar, S. / Futamura, Y. / Shao, N. / Osada, H. / Zou, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21472170 中国
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Beta-Branched Tryptamine Provoked Non Sandwich-Like-Mode Catalysis of Strictosidine Synthase to Antimalarial Indole Alkaloids
著者: Liu, H. / Panjikar, S. / Futamura, Y. / Shao, N. / Osada, H. / Zou, H.
#1: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: The structure of Rauvolfia serpentina strictosidine synthase is a novel six-bladed beta-propeller fold in plant proteins.
著者: Ma, X. / Panjikar, S. / Koepke, J. / Loris, E. / Stoeckigt, J.
履歴
登録2021年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Strictosidine synthase
B: Strictosidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7634
ポリマ－70,4152
非ポリマー3482
水724
1
A: Strictosidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3822
ポリマ－35,2071
非ポリマー1741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Strictosidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3822
ポリマ－35,2071
非ポリマー1741
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.305, 150.305, 121.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 33 - 324 / Label seq-ID: 5 - 296

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.957749, -0.161825, -0.23776), (-0.014926, -0.797606, 0.602994), (-0.287218, 0.581065, 0.761491)84.56055, 120.70254, -31.57642

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要素

#1: タンパク質 Strictosidine synthase


分子量: 35207.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (植物) / 遺伝子: STR1 / プラスミド: PQE-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15PREP4 / 参照: UniProt: P68175, strictosidine synthase
#2: 化合物 ChemComp-XL4 / (2R)-2-(1H-indol-3-yl)propan-1-amine


分子量: 174.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.93 % / 解説: Hexagonal
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.8 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE TETRAHYDRATE AND 0.1 M HEPES, PH 7.4, 5 MG/ML STRICTOSIDINE and 3 mM R-IPA (2-(1H-indol-3-yl) propan-1-amine),

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月25日 / 詳細: DCM
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→20 Å / Num. obs: 21817 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 74.76 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.94→3.02 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 1626 / CC1/2: 0.639 / Rrim(I) all: 0.632 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FP8

2fp8


解像度: 2.94→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 30.054 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.915 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2189 956 4.4 %RANDOM
Rwork0.16726 ---
obs0.16955 20762 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.202 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.33 Å21.67 Å20 Å2
2--3.33 Å20 Å2
3----10.82 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.94→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4800 0 26 4 4830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.6326750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5565608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8823.71248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.51915774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8761516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3325.282438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1769.9043044
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2925.5432522
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.78473.7877260
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1139medium positional0.240.5
1168tight thermal4.220.5
1139medium thermal5.072
LS精密化 シェル解像度: 2.94→3.014 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 65 -
Rwork0.248 1531 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6942-0.59760.29344.48370.66914.14750.05040.2199-0.0964-0.03960.0504-0.18570.18950.5895-0.10080.01570.0483-0.0060.1705-0.03730.020939.353545.7772-8.5812
25.05631.7833-1.67161.8207-0.48535.0999-0.10650.3731-0.37910.27170.15130.05960.6951-0.1454-0.04490.2620.0387-0.03960.0498-0.05880.123730.671833.47620.659
32.46420.3051-0.69823.7622-0.81643.15240.1423-0.0007-0.11240.3081-0.05550.04810.23740.2539-0.08680.11230.0555-0.0060.0448-0.00390.011931.930346.58711.0931
41.85541.655-1.34873.11470.88396.7226-0.1646-0.08980.21930.1218-0.07940.417-0.4209-0.43560.2440.31270.1354-0.00270.1486-0.01530.175833.171658.32560.8756
53.1132-0.7842-2.21613.2359-0.44247.88490.1250.2657-0.2714-0.1635-0.2040.0097-0.1717-0.18650.0790.0811-0.0688-0.00690.1487-0.04540.107436.995273.7508-13.861
61.0999-0.5306-0.92654.06151.88224.29970.30040.14140.4368-0.5353-0.2514-0.3701-0.7942-0.0989-0.0490.33410.00030.05650.16830.01330.327139.569793.5848-12.6482
71.4156-2.9393-1.26336.12762.38924.10360.0506-0.10150.2113-0.140.2433-0.4343-0.12460.0631-0.29390.3123-0.0395-0.05590.4301-0.05530.442757.127287.01753.3003
80.8251-0.3794-0.96277.25411.87633.78040.0044-0.25610.12220.20080.1307-0.2908-0.1080.3478-0.1350.1148-0.0822-0.0710.2028-0.06040.148138.801583.37812.5159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2A158 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3A210 - 319
4X-RAY DIFFRACTION4A320 - 333
5X-RAY DIFFRACTION5B32 - 92
6X-RAY DIFFRACTION6B93 - 270
7X-RAY DIFFRACTION7B271 - 280
8X-RAY DIFFRACTION8B281 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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