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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t5e | ||||||||||||
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タイトル | Neutron structure of Neurospora crassa Polysaccharide Monooxygenase 9D (NcLPMO9D) low pH vapor exchange | ||||||||||||
要素 | Lytic polysaccharide monooxygenase | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / LPMO / monooxygenase / PMO / metalloproteins | ||||||||||||
機能・相同性 | : / Auxiliary Activity family 9 / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / monooxygenase activity / hydrolase activity / extracellular region / COPPER (II) ION / Related to cel1 protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 中性子回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Schroder, G.C. / Meilleur, F. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022 タイトル: Capture of activated dioxygen intermediates at the copper-active site of a lytic polysaccharide monooxygenase. 著者: Schroder, G.C. / O'Dell, W.B. / Webb, S.P. / Agarwal, P.K. / Meilleur, F. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2021 タイトル: Preliminary results of neutron and X-ray diffraction data collection on a lytic polysaccharide monooxygenase under reduced and acidic conditions. 著者: Schroder, G.C. / O'Dell, W.B. / Swartz, P.D. / Meilleur, F. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t5e.cif.gz | 210.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t5e.ent.gz | 172.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t5e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t5e_validation.pdf.gz | 537.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t5e_full_validation.pdf.gz | 538.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7t5e_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t5e_validation.cif.gz | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t5e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7t5cC 7t5dC 5tkhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23299.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: G15G9.090, GE21DRAFT_7469 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): Superman5 / 参照: UniProt: Q8WZQ2 #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 % / 解説: Crystals form rectangular shapes. |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.4 / 詳細: PEG 3350, HEPES |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | Biso Wilson estimate: 17.17 Å2 / Entry-ID: 7T5E
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反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | SU ML: 0.18 / R Free selection details: Random selection / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 18.75 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 5TKH / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→12.662 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Rfactor Rfree error: 0
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