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- PDB-7t5d: Neutron structure of Neurospora crassa Lytic Polysaccharide Monoo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t5d
タイトルNeutron structure of Neurospora crassa Lytic Polysaccharide Monooxygenase 9D (NcLPMO9D) ascorbate soak
要素Lytic polysaccharide monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / LPMO / monooxygenase / PMO / metalloproteins / copper
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61)
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / OXYGEN MOLECULE / HYDROGEN PEROXIDE / lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating)
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法中性子回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schroder, G.C. / Meilleur, F.
資金援助 南アフリカ, 3件
組織認可番号国
National Institute of Food and Agriculture (NIFA, United States)Hatch 211001 南アフリカ
National Research Foundation in South Africa 南アフリカ
Department of Energy (DOE, United States) 南アフリカ
引用
ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022
タイトル: Capture of activated dioxygen intermediates at the copper-active site of a lytic polysaccharide monooxygenase.
著者: Schroder, G.C. / O'Dell, W.B. / Webb, S.P. / Agarwal, P.K. / Meilleur, F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2021
タイトル: Preliminary results of neutron and X-ray diffraction data collection on a lytic polysaccharide monooxygenase under reduced and acidic conditions.
著者: Schroder, G.C. / O'Dell, W.B. / Swartz, P.D. / Meilleur, F.
履歴
登録2021年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lytic polysaccharide monooxygenase
B: Lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6408
ポリマ－46,5982
非ポリマー1,0426
水7,440413
1
A: Lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8535
ポリマ－23,2991
非ポリマー5544
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7873
ポリマ－23,2991
非ポリマー4882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.730, 42.180, 69.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Lytic polysaccharide monooxygenase / Related to cel1 protein


分子量: 23299.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: G15G9.090, GE21DRAFT_7469 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): Superman5 / 参照: UniProt: Q8WZQ2
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 417分子

#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.3 % / 解説: Crystals form rectangular shapes.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3350, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SPALLATION SOURCE / サイト: ORNL Spallation Neutron Source / ビームライン: MANDI / 波長: 2.0-4.0
検出器タイプ: ORNL ANGER CAMERA / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2018年11月15日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
121
241
反射解像度: 2.4→14.791 Å / Num. obs: 14168 / % possible obs: 91.16 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 31.17 Å2 / CC1/2: 0.956 / Rmerge(I) obs: 0.1851 / Rrim(I) all: 0.2148 / Net I/σ(I): 7.15
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.2737 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique obs: 1300 / CC1/2: 0.297 / Rrim(I) all: 0.3327 / % possible all: 84.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Mantidデータ削減
LaueViewデータスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TKH

5tkh


解像度: 2.4→14.791 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.34 / 位相誤差: 31.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3088 710 5.01 %Random selection
Rwork0.2286 13457 --
obs0.2325 14167 91.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 55.48 Å2 / Biso mean: 38.9543 Å2 / Biso min: 21.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→14.79 Å
リガンド溶媒全体
原子数118 1242 7769
Biso mean41.55 40.48 -
残基数--446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.00637494
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d0.688812422
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0503524
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411258
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.57451799
LS精密化 シェル

Refine-ID: NEUTRON DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.58440.35991260.28582477260385
2.5844-2.84280.35931400.27582623276390
2.8428-3.25040.32661450.2432731287694
3.2504-4.08080.2791560.22212862301897
4.0808-14.79090.28661430.19272764290792

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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