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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t5c | ||||||||||||
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タイトル | X-ray structure of Neurospora crassa Polysaccharide Monooxygenase 9D (NcLPMO9D) at low pH | ||||||||||||
要素 | Lytic polysaccharide monooxygenase | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / LPMO / monooxygenase / PMO / metalloproteins / copper | ||||||||||||
機能・相同性 | : / Auxiliary Activity family 9 / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / monooxygenase activity / hydrolase activity / extracellular region / COPPER (II) ION / Related to cel1 protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Schroder, G.C. / Meilleur, F. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022 タイトル: Capture of activated dioxygen intermediates at the copper-active site of a lytic polysaccharide monooxygenase. 著者: Schroder, G.C. / O'Dell, W.B. / Webb, S.P. / Agarwal, P.K. / Meilleur, F. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2021 タイトル: Preliminary results of neutron and X-ray diffraction data collection on a lytic polysaccharide monooxygenase under reduced and acidic conditions. 著者: Schroder, G.C. / O'Dell, W.B. / Swartz, P.D. / Meilleur, F. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t5c.cif.gz | 133.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t5c.ent.gz | 91.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t5c_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t5c_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7t5c_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t5c_validation.cif.gz | 43.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t5c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7t5dC 7t5eC 5tkhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23299.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: G15G9.090, GE21DRAFT_7469 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SuperMan5 / 参照: UniProt: Q8WZQ2 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 % / 解説: Crystals form rectangular shapes. |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.4 / 詳細: PEG 3350, HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→12.61 Å / Num. obs: 62507 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 11.79 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rrim(I) all: 0.1495 / Net I/σ(I): 62.56 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2775 / Mean I/σ(I) obs: 7.14 / Num. unique obs: 6159 / CC1/2: 0.94 / Rrim(I) all: 0.3133 / % possible all: 99.97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5TKH 解像度: 1.5→12.61 Å / SU ML: 0.1158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 18.0267 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→12.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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