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- PDB-7t5c: X-ray structure of Neurospora crassa Polysaccharide Monooxygenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t5c
タイトルX-ray structure of Neurospora crassa Polysaccharide Monooxygenase 9D (NcLPMO9D) at low pH
要素Lytic polysaccharide monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / LPMO / monooxygenase / PMO / metalloproteins / copper
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61)
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating)
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Schroder, G.C. / Meilleur, F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institute of Food and Agriculture (NIFA, United States)Hatch 211001 米国
National Research Foundation in South Africa 米国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用
ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022
タイトル: Capture of activated dioxygen intermediates at the copper-active site of a lytic polysaccharide monooxygenase.
著者: Schroder, G.C. / O'Dell, W.B. / Webb, S.P. / Agarwal, P.K. / Meilleur, F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2021
タイトル: Preliminary results of neutron and X-ray diffraction data collection on a lytic polysaccharide monooxygenase under reduced and acidic conditions.
著者: Schroder, G.C. / O'Dell, W.B. / Swartz, P.D. / Meilleur, F.
履歴
登録2021年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lytic polysaccharide monooxygenase
B: Lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7366
ポリマ－46,5982
非ポリマー1,1384
水13,998777
1
A: Lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7873
ポリマ－23,2991
非ポリマー4882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9493
ポリマ－23,2991
非ポリマー6502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.668, 42.210, 69.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Lytic polysaccharide monooxygenase / Related to cel1 protein


分子量: 23299.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: G15G9.090, GE21DRAFT_7469 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SuperMan5 / 参照: UniProt: Q8WZQ2
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 % / 解説: Crystals form rectangular shapes.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.4 / 詳細: PEG 3350, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→12.61 Å / Num. obs: 62507 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 11.79 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rrim(I) all: 0.1495 / Net I/σ(I): 62.56
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2775 / Mean I/σ(I) obs: 7.14 / Num. unique obs: 6159 / CC1/2: 0.94 / Rrim(I) all: 0.3133 / % possible all: 99.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TKH

5tkh


解像度: 1.5→12.61 Å / SU ML: 0.1158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 18.0267 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1821 3110 4.98 %Random selection
Rwork0.1556 59395 --
obs0.157 62505 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→12.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3272 0 69 777 4118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00783673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0975082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0723588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.55741362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.22381630.18342611X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.550.23381430.17532698X-RAY DIFFRACTION99.96
1.55-1.570.21531350.16822675X-RAY DIFFRACTION99.93
1.57-1.60.20711410.16992672X-RAY DIFFRACTION99.96
1.6-1.630.17441400.16172712X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.670.191410.16712662X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.70.18611370.16782706X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.740.22451430.16682691X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.790.1971270.17332670X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.830.19321480.18162715X-RAY DIFFRACTION99.97
1.83-1.890.20941340.18442680X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.950.19391280.17232690X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.020.22051440.17162704X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.10.21131290.17012713X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.190.18341650.16372677X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.310.21381390.1692689X-RAY DIFFRACTION99.89
2.31-2.450.18541370.16372708X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.640.15841590.1592711X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.90.19761450.15592697X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.320.16231370.1432759X-RAY DIFFRACTION100
3.32-4.150.1581270.12442745X-RAY DIFFRACTION99.97
4.15-12.610.13691480.12722810X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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