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- PDB-7t4d: Pore structure of pore-forming toxin Epx4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t4d
タイトルPore structure of pore-forming toxin Epx4
要素Epx4
キーワードTOXIN / pore-forming toxin
機能・相同性Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Distorted Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Enterococcus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Xiong, X.Z. / Dong, M. / Yang, P. / Abraham, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Emerging enterococcus pore-forming toxins with MHC/HLA-I as receptors.
著者: Xiaozhe Xiong / Songhai Tian / Pan Yang / Francois Lebreton / Huan Bao / Kuanwei Sheng / Linxiang Yin / Pengsheng Chen / Jie Zhang / Wanshu Qi / Jianbin Ruan / Hao Wu / Hong Chen / David T ...著者: Xiaozhe Xiong / Songhai Tian / Pan Yang / Francois Lebreton / Huan Bao / Kuanwei Sheng / Linxiang Yin / Pengsheng Chen / Jie Zhang / Wanshu Qi / Jianbin Ruan / Hao Wu / Hong Chen / David T Breault / Hao Wu / Ashlee M Earl / Michael S Gilmore / Jonathan Abraham / Min Dong /
要旨: Enterococci are a part of human microbiota and a leading cause of multidrug resistant infections. Here, we identify a family of Enterococcus pore-forming toxins (Epxs) in E. faecalis, E. faecium, ...Enterococci are a part of human microbiota and a leading cause of multidrug resistant infections. Here, we identify a family of Enterococcus pore-forming toxins (Epxs) in E. faecalis, E. faecium, and E. hirae strains isolated across the globe. Structural studies reveal that Epxs form a branch of β-barrel pore-forming toxins with a β-barrel protrusion (designated the top domain) sitting atop the cap domain. Through a genome-wide CRISPR-Cas9 screen, we identify human leukocyte antigen class I (HLA-I) complex as a receptor for two members (Epx2 and Epx3), which preferentially recognize human HLA-I and homologous MHC-I of equine, bovine, and porcine, but not murine, origin. Interferon exposure, which stimulates MHC-I expression, sensitizes human cells and intestinal organoids to Epx2 and Epx3 toxicity. Co-culture with Epx2-harboring E. faecium damages human peripheral blood mononuclear cells and intestinal organoids, and this toxicity is neutralized by an Epx2 antibody, demonstrating the toxin-mediated virulence of Epx-carrying Enterococcus.
履歴
登録2021年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Epx4
A: Epx4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3714
ポリマ－71,1352
非ポリマー2362
水00
1
B: Epx4
A: Epx4
ヘテロ分子

B: Epx4
A: Epx4
ヘテロ分子

B: Epx4
A: Epx4
ヘテロ分子

B: Epx4
A: Epx4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,48416
ポリマ－284,5398
非ポリマー9458
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
Buried area46390 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area105180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.301, 122.301, 128.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid AA
21chain B and segid BA

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AAA0
211chain B and segid BAB0

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要素

#1: タンパク質 Epx4


分子量: 35567.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.56 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 5% (w/v) polyethylene glycol 8000, 40% (v/v) MPD, 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→64.21 Å / Num. obs: 18919 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2037 / Net I/σ(I): 8.94
反射 シェル解像度: 3→3.1074 Å / Rmerge(I) obs: 0.9269 / Num. unique obs: 1855

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ygt

2ygt


解像度: 3→64.21 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 992 5.24 %
Rwork0.2019 17927 -
obs0.204 18919 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.54 Å2 / Biso mean: 49.9564 Å2 / Biso min: 22.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→64.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4818 0 44 0 4862
Biso mean--36.68 --
残基数----602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6636716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003862
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5131804
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2748X-RAY DIFFRACTION6.22TORSIONAL
12B2748X-RAY DIFFRACTION6.22TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.0003-3.15840.34012210.27692449
3.1584-3.35630.27061310.24042568
3.3563-3.61540.26451430.22062548
3.6154-3.97920.2541150.20322587
3.9792-4.55490.2179950.17542607
4.5549-5.73810.22691430.18552558
5.7381-64.210.20061440.19332610

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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