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- PDB-7t3v: Metal dependent activation of Plasmodium falciparum M17 aminopept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t3v
タイトルMetal dependent activation of Plasmodium falciparum M17 aminopeptidase, spacegroup P22121 after crystals soaked with Zn2+
要素M17 leucyl aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Metallo aminopeptidase / malaria / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / manganese ion binding / peptidase activity / proteolysis / zinc ion binding ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / manganese ion binding / peptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Macro domain-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Leucine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Webb, C.T. / McGowan, S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: A metal ion-dependent conformational switch modulates activity of the Plasmodium M17 aminopeptidase.
著者: Webb, C.T. / Yang, W. / Riley, B.T. / Hayes, B.K. / Sivaraman, K.K. / Malcolm, T.R. / Harrop, S. / Atkinson, S.C. / Kass, I. / Buckle, A.M. / Drinkwater, N. / McGowan, S.
履歴
登録2021年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M17 leucyl aminopeptidase
B: M17 leucyl aminopeptidase
C: M17 leucyl aminopeptidase
D: M17 leucyl aminopeptidase
E: M17 leucyl aminopeptidase
F: M17 leucyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,04028
ポリマ－351,4676
非ポリマー1,57322
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.760, 172.756, 176.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.178559569819, 0.763135107483, 0.621080741734), (-0.780390900291, -0.494285304276, 0.382977911529), (0.599254973086, -0.416301388062, 0.683803064872)-24.1755427856, 65.1645682623, 13.6574323701
2given(-0.197441603477, -0.778105228149, 0.596296123703), (0.768623394429, -0.500419717572, -0.398494898089), (0.608469301406, 0.37964767903, 0.696873553131)38.6731918672, 56.2258625608, -18.9490365678
3given(-0.608244995586, 0.770606743589, -0.190271574544), (0.762365258636, 0.500423269675, -0.410336159255), (-0.220991488001, -0.394641353513, -0.891863758838)11.3822326584, 15.8323406847, 82.8129598208
4given(-0.604725336674, -0.77567121118, -0.180669420021), (-0.765171474468, 0.502907955187, 0.401990302458), (-0.220952216203, 0.381336807502, -0.897642666878)74.3550744484, 24.2159931778, 51.2822304828
5given(0.563394464992, 0.00158977850821, -0.826186510069), (0.001952755001, -0.99999791778, -0.00059260691493), (-0.826185731881, -0.00127946838351, -0.563396396329)36.4317781298, 81.0449852682, 69.9367899144

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
M17 leucyl aminopeptidase


分子量: 58577.777 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IL11, leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 5種, 301分子

#2: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.26 Å / Num. obs: 144874 / % possible obs: 95.49 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 44.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1411 / Net I/σ(I): 11.81
反射 シェル解像度: 2.3→2.385 Å / Rmerge(I) obs: 1.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 14859 / CC1/2: 0.743

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7SRV

7srv


解像度: 2.3→47.24 Å / SU ML: 0.3574 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.6706
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2637 1994 1.38 %
Rwork0.219 142754 -
obs0.2196 144748 95.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23167 0 62 279 23508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003923668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.595232189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04453756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00394093
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7643295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.42421490.399810440X-RAY DIFFRACTION98.74
2.36-2.420.37611460.365810570X-RAY DIFFRACTION99.8
2.42-2.50.38041480.342410541X-RAY DIFFRACTION99.87
2.5-2.580.4381450.325210565X-RAY DIFFRACTION99.93
2.58-2.650.37011130.3087817X-RAY DIFFRACTION97.23
2.7-2.780.3687920.28096883X-RAY DIFFRACTION97.8
2.78-2.90.3151560.268710624X-RAY DIFFRACTION99.98
2.9-3.050.29821470.254510616X-RAY DIFFRACTION99.92
3.05-3.250.33741440.250810622X-RAY DIFFRACTION99.97
3.25-3.50.321460.230810682X-RAY DIFFRACTION99.92
3.5-3.850.23971520.19810695X-RAY DIFFRACTION99.98
3.85-4.40.1871500.16910735X-RAY DIFFRACTION99.99
4.4-5.550.20041500.159910838X-RAY DIFFRACTION100
5.55-47.240.20421560.183111126X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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