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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t3j | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Csy-AcrIF24 | ||||||
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![]() | HYDROLASE/RNA / Csy / Cascade / CRISPR / anti-CRISPR / AcrIF24 / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Mukherjee, I.A. / Chang, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of AcrIF24 as an anti-CRISPR protein and transcriptional suppressor. 著者: Indranil Arun Mukherjee / Clinton Gabel / Nicholas Noinaj / Joseph Bondy-Denomy / Leifu Chang / ![]() 要旨: Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages to inactivate CRISPR-Cas systems of bacteria and archaea and are used to enhance the CRISPR toolbox for genome editing. Here we report the structure ...Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages to inactivate CRISPR-Cas systems of bacteria and archaea and are used to enhance the CRISPR toolbox for genome editing. Here we report the structure and mechanism of AcrIF24, an Acr protein that inhibits the type I-F CRISPR-Cas system from Pseudomonas aeruginosa. AcrIF24 is a homodimer that associates with two copies of the surveillance complex (Csy) and prevents the hybridization between CRISPR RNA and target DNA. Furthermore, AcrIF24 functions as an anti-CRISPR-associated (Aca) protein to repress the transcription of the acrIF23-acrIF24 operon. Alone or in complex with Csy, AcrIF24 is capable of binding to the acrIF23-acrIF24 promoter DNA with nanomolar affinity. The structure of a Csy-AcrIF24-promoter DNA complex at 2.7 Å reveals the mechanism for transcriptional suppression. Our results reveal that AcrIF24 functions as an Acr-Aca fusion protein, and they extend understanding of the diverse mechanisms used by Acr proteins. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 665.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 541.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25660MC ![]() 7t3kC ![]() 7t3lC ![]() 7tawC ![]() 7taxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-CRISPR-associated ... , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 49194.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 21427.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q02MM2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
-CRISPR type I-F/YPEST-associated protein ... , 2種, 7分子 BDEFGHI
#2: タンパク質 | 分子量: 36244.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: csy2, ALP65_00953, IPC1598_32520, IPC29_26970, PA52Ts2_3638, PACL_0128 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 39778.594 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 3分子 JKM
#5: タンパク質 | 分子量: 24995.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #6: RNA鎖 | | 分子量: 19538.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Csy-AcrIF / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 400 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111955 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7JZW Accession code: 7JZW / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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