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- PDB-7t3e: Structure of the sialic acid bound Tripartite ATP-independent Per... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t3e
タイトルStructure of the sialic acid bound Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) periplasmic component SiaP from Photobacterium profundum
要素TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Periplasmic SBP / Sialic acid / TRAP transporter
機能・相同性TRAP transporter solute receptor, DctP family / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / N-acetyl-beta-neuraminic acid / TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component
機能・相同性情報
生物種Photobacterium profundum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Davies, J.S. / Currie, M.J. / North, R.A. / Dobson, R.C.J.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
Marsden FundUOC1506 ニュージーランド
Ministry of Business, Innovation and Employment (New Zealand)UOCX1706 ニュージーランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure and mechanism of a tripartite ATP-independent periplasmic TRAP transporter.
著者: James S Davies / Michael J Currie / Rachel A North / Mariafrancesca Scalise / Joshua D Wright / Jack M Copping / Daniela M Remus / Ashutosh Gulati / Dustin R Morado / Sam A Jamieson / Michael ...著者: James S Davies / Michael J Currie / Rachel A North / Mariafrancesca Scalise / Joshua D Wright / Jack M Copping / Daniela M Remus / Ashutosh Gulati / Dustin R Morado / Sam A Jamieson / Michael C Newton-Vesty / Gayan S Abeysekera / Subramanian Ramaswamy / Rosmarie Friemann / Soichi Wakatsuki / Jane R Allison / Cesare Indiveri / David Drew / Peter D Mace / Renwick C J Dobson /
要旨: In bacteria and archaea, tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters uptake essential nutrients. TRAP transporters receive their substrates via a secreted soluble substrate-binding ...In bacteria and archaea, tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters uptake essential nutrients. TRAP transporters receive their substrates via a secreted soluble substrate-binding protein. How a sodium ion-driven secondary active transporter is strictly coupled to a substrate-binding protein is poorly understood. Here we report the cryo-EM structure of the sialic acid TRAP transporter SiaQM from Photobacterium profundum at 2.97 Å resolution. SiaM comprises a "transport" domain and a "scaffold" domain, with the transport domain consisting of helical hairpins as seen in the sodium ion-coupled elevator transporter VcINDY. The SiaQ protein forms intimate contacts with SiaM to extend the size of the scaffold domain, suggesting that TRAP transporters may operate as monomers, rather than the typically observed oligomers for elevator-type transporters. We identify the Na and sialic acid binding sites in SiaM and demonstrate a strict dependence on the substrate-binding protein SiaP for uptake. We report the SiaP crystal structure that, together with docking studies, suggest the molecular basis for how sialic acid is delivered to the SiaQM transporter complex. We thus propose a model for substrate transport by TRAP proteins, which we describe herein as an 'elevator-with-an-operator' mechanism.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component
B: TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6746
ポリマ－67,8632
非ポリマー8114
水14,394799
1
A: TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3373
ポリマ－33,9321
非ポリマー4052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3373
ポリマ－33,9321
非ポリマー4052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.596, 87.313, 129.412
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component / SiaP


分子量: 33931.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photobacterium profundum (バクテリア)
遺伝子: SMB20295, PBPRA2281 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LPV9
#2: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mg/mL protein in 50 mM Tris, pH 8.0, 150 mM sodium chloride, 0.002% w/v L-MNG mixed 1:1 with 0.1 M Bis-Tris, pH 5.0, 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→43.66 Å / Num. obs: 316707 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 10.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.04→1.077 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1.153 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 31310 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB-REDO精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2xwk

2xwk


解像度: 1.04→43.66 Å / SU ML: 0.0931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 13.4518
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1386 30762 4.99 %
Rwork0.1237 585192 -
obs0.1245 316707 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→43.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4768 0 52 799 5619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1127692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0855836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01051039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2598794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.04-1.050.29538780.309117086X-RAY DIFFRACTION86.71
1.05-1.060.294610420.278419625X-RAY DIFFRACTION99.86
1.06-1.080.263310120.257919550X-RAY DIFFRACTION99.83
1.08-1.090.24649630.241419635X-RAY DIFFRACTION99.81
1.09-1.10.223510080.222519641X-RAY DIFFRACTION99.8
1.1-1.120.2139770.204919643X-RAY DIFFRACTION99.69
1.12-1.130.19829540.195319496X-RAY DIFFRACTION99.15
1.13-1.150.18219930.181519528X-RAY DIFFRACTION99.34
1.15-1.170.188310360.170519724X-RAY DIFFRACTION99.97
1.17-1.190.181211440.167419414X-RAY DIFFRACTION99.9
1.19-1.210.170910250.154119648X-RAY DIFFRACTION99.97
1.21-1.230.163110000.147919585X-RAY DIFFRACTION99.95
1.23-1.250.152710130.141519661X-RAY DIFFRACTION99.93
1.25-1.280.140211130.1319576X-RAY DIFFRACTION99.95
1.28-1.310.154410600.123119537X-RAY DIFFRACTION99.87
1.31-1.340.139410020.113519620X-RAY DIFFRACTION99.86
1.34-1.370.123210510.106219567X-RAY DIFFRACTION99.78
1.37-1.410.12410240.102619608X-RAY DIFFRACTION99.71
1.41-1.450.12129840.098719443X-RAY DIFFRACTION98.74
1.45-1.50.11810440.095919578X-RAY DIFFRACTION99.71
1.5-1.550.115910170.093819576X-RAY DIFFRACTION99.91
1.55-1.610.100310880.082919560X-RAY DIFFRACTION99.95
1.61-1.690.110311030.081519596X-RAY DIFFRACTION99.99
1.69-1.770.111610350.08619691X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.890.10089760.092319619X-RAY DIFFRACTION100
1.89-2.030.12139960.098819691X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.240.113610090.099319664X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.560.112410640.107519512X-RAY DIFFRACTION99.52
2.56-3.220.1410600.128419554X-RAY DIFFRACTION99.91
3.23-43.660.149210910.134519564X-RAY DIFFRACTION99.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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