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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t2s | ||||||
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タイトル | Structure of E. coli upec-117 Cap18 3'-5' exonuclease | ||||||
![]() | 3'-5' exonuclease | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / CBASS | ||||||
機能・相同性 | Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / exonuclease activity / nucleic acid binding / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / ACETATE ION / Ribonuclease T![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liang, Q. / Richey, S.T. / Ye, Q. / Lau, R.K. / Corbett, K.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and activity of a bacterial defense-associated 3'-5' exonuclease. 著者: Liang, Q. / Richey, S.T. / Ur, S.N. / Ye, Q. / Lau, R.K. / Corbett, K.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
実験データセット #2 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21218.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20mM Tris-HCl pH 7.5, 0.2M Li Sulfate, 0.1M Na Acetate, 0.1M HEPES pH 7.5, and 17% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.82→97.37 Å / Num. obs: 25945 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 28.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 27.5 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 1.039 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 1491 / CC1/2: 0.868 / Rpim(I) all: 0.242 / Rrim(I) all: 1.062 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→85.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.8980420785 Å / Origin y: 44.7304485157 Å / Origin z: 50.9489171232 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |