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万見
- PDB-7t1p: Solution structure of 7SK stem-loop 1 with HIV-1 Tat Finland Argi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t1p
タイトルSolution structure of 7SK stem-loop 1 with HIV-1 Tat Finland Arginine Rich Motif
要素
  • RNA (56-MER)
  • Tat Finland Arginine Rich Motif
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Tat / 7SK / HIV-1
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
データ登録者Pham, V.V. / Gao, M. / D'Souza, V.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)55108516 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI50470 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: A structure-based mechanism for displacement of the HEXIM adapter from 7SK small nuclear RNA.
著者: Pham, V.V. / Gao, M. / Meagher, J.L. / Smith, J.L. / D'Souza, V.M.
履歴
登録2021年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (56-MER)
B: Tat Finland Arginine Rich Motif


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1312
ポリマ－20,1312
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (56-MER)


分子量: 17986.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質・ペプチド Tat Finland Arginine Rich Motif


分子量: 2144.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
222isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM 7SK-SL1, 0.5 mM Tat Fin, 100% D2OTatFin:7SK D2O100% D2O
solution20.5 mM 7SK-SL1, 0.5 mM Tat Fin, 90% H2O/10% D2OTatFin:7SK H2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mM7SK-SL1natural abundance1
0.5 mMTat Finnatural abundance1
0.5 mM7SK-SL1natural abundance2
0.5 mMTat Finnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
110mM Phosphate, 70mM NaCl, 0.1mM EDTA mMTatFin:7SK D2O5.6 100000 Pa298 K
210mM Phosphate, 70mM NaCl, 0.1mM EDTA mMTatFin:7SK H2O5.6 100000 Pa298 K

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 700 MHz
Soln scatterタイプ: neutron / Buffer name: 10 mM phosphate, 70 mM NaCl, 0.1 mM EDTA / Data analysis software list: Scatter / Data reduction software list: ATSAS / Detector specific: Dectris / 検出器タイプ: Pilatus3 X 2M detector / Mean guiner radius: 2.5 nm / Num. of time frames: 10 / Sample pH: 5.6 / Source beamline: 12.3.1 / Source beamline instrument: SIBYLS / Source class: Y / Source type: 12.3.1 (SIBYLS) beam line / 温度: 283 K

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10
Soln scatter model手法: This structure was calculated with XPLOR-NIH with a CYANA input and minimized with SAXS.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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