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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t1p | |||||||||
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タイトル | Solution structure of 7SK stem-loop 1 with HIV-1 Tat Finland Arginine Rich Motif | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / Tat / 7SK / HIV-1 | |||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing | |||||||||
データ登録者 | Pham, V.V. / Gao, M. / D'Souza, V.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: A structure-based mechanism for displacement of the HEXIM adapter from 7SK small nuclear RNA. 著者: Pham, V.V. / Gao, M. / Meagher, J.L. / Smith, J.L. / D'Souza, V.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t1p.cif.gz | 409.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t1p.ent.gz | 342.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t1p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/7t1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/7t1p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7t1nC 7t1oC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 17986.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2144.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-実験情報
-実験
実験 |
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-データ収集
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 700 MHz |
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Soln scatter | タイプ: neutron / Buffer name: 10 mM phosphate, 70 mM NaCl, 0.1 mM EDTA / Data analysis software list: Scatter / Data reduction software list: ATSAS / Detector specific: Dectris / 検出器タイプ: Pilatus3 X 2M detector / Mean guiner radius: 2.5 nm / Num. of time frames: 10 / Sample pH: 5.6 / Source beamline: 12.3.1 / Source beamline instrument: SIBYLS / Source class: Y / Source type: 12.3.1 (SIBYLS) beam line / 温度: 283 K |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8 | |||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 | |||||||||||||||||||||||||||
Soln scatter model | 手法: This structure was calculated with XPLOR-NIH with a CYANA input and minimized with SAXS. |