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- PDB-7t1j: Crystal structure of RUBISCO from Rhodospirillaceae bacterium BRH_c57 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t1j
タイトルCrystal structure of RUBISCO from Rhodospirillaceae bacterium BRH_c57
要素Ribulose bisphosphate carboxylase
キーワードLYASE / Ribulose-1 / 5-bisphosphate carboxylase-oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type II / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillaceae bacterium BRH_c57 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Liu, A.K. / Shih, P.M. / Adams, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural plasticity enables evolution and innovation of RuBisCO assemblies.
著者: Liu, A.K. / Pereira, J.H. / Kehl, A.J. / Rosenberg, D.J. / Orr, D.J. / Chu, S.K.S. / Banda, D.M. / Hammel, M. / Adams, P.D. / Siegel, J.B. / Shih, P.M.
履歴
登録2021年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase
C: Ribulose bisphosphate carboxylase
D: Ribulose bisphosphate carboxylase
E: Ribulose bisphosphate carboxylase
F: Ribulose bisphosphate carboxylase
G: Ribulose bisphosphate carboxylase
H: Ribulose bisphosphate carboxylase
I: Ribulose bisphosphate carboxylase
J: Ribulose bisphosphate carboxylase
K: Ribulose bisphosphate carboxylase
L: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)610,37236
ポリマ－605,80712
非ポリマー4,56524
水80,2214453
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase
C: Ribulose bisphosphate carboxylase
D: Ribulose bisphosphate carboxylase
G: Ribulose bisphosphate carboxylase
H: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,18618
ポリマ－302,9046
非ポリマー2,28312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Ribulose bisphosphate carboxylase
F: Ribulose bisphosphate carboxylase
I: Ribulose bisphosphate carboxylase
J: Ribulose bisphosphate carboxylase
K: Ribulose bisphosphate carboxylase
L: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,18618
ポリマ－302,9046
非ポリマー2,28312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.807, 104.978, 369.611
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase / RuBisCO


分子量: 50483.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillaceae bacterium BRH_c57 (バクテリア)
遺伝子: cbbM, VR70_18855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0F2R9T6, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Magnesium Formate pH 5.9, 20 % PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 0.907936 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.907936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→29.52 Å / Num. obs: 399609 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 27.13 Å2 / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 4.81
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / Num. unique obs: 35839 / CC1/2: 0.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9rub

9rub


解像度: 1.96→29.52 Å / SU ML: 0.2501 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7648
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2354 2001 0.5 %0.5
Rwork0.1957 397361 --
obs0.1959 399362 98.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→29.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数42016 0 264 4453 46733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004743288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.619658631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04226097
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00437782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.846615619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.010.32721230.286624048X-RAY DIFFRACTION83.41
2.01-2.070.31541440.267428661X-RAY DIFFRACTION99.87
2.07-2.130.29381400.253628687X-RAY DIFFRACTION99.87
2.13-2.20.27571550.238428825X-RAY DIFFRACTION99.91
2.2-2.270.26711420.229428724X-RAY DIFFRACTION99.75
2.27-2.370.25441370.220728666X-RAY DIFFRACTION99.86
2.37-2.470.27531480.218528852X-RAY DIFFRACTION99.87
2.47-2.60.26491420.213828745X-RAY DIFFRACTION99.82
2.6-2.770.27631470.214328847X-RAY DIFFRACTION99.63
2.77-2.980.27291450.209128465X-RAY DIFFRACTION98.74
2.98-3.280.23171390.194428518X-RAY DIFFRACTION98.74
3.28-3.750.21191410.172528776X-RAY DIFFRACTION99.24
3.75-4.730.19111480.146428669X-RAY DIFFRACTION98.72
4.73-29.520.18331500.174128878X-RAY DIFFRACTION98.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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