[日本語] English
万見
- PDB-7t1i: Crystal structure of CAB1 Pantothenate Kinase from Saccharomyces ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t1i
タイトルCrystal structure of CAB1 Pantothenate Kinase from Saccharomyces cerevisiae in complex with compound YU385597
要素Pantothenate kinase CAB1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / ergosterol metabolic process / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E4C / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Pantothenate kinase CAB1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gihaz, S. / Ben Mamoun, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: High-resolution crystal structure and chemical screening reveal pantothenate kinase as a new target for antifungal development.
著者: Gihaz, S. / Gareiss, P. / Choi, J.Y. / Renard, I. / Pal, A.C. / Surovsteva, Y. / Chiu, J.E. / Thekkiniath, J. / Plummer, M. / Hungerford, W. / Montgomery, M.L. / Hosford, A. / Adams, E.M. / ...著者: Gihaz, S. / Gareiss, P. / Choi, J.Y. / Renard, I. / Pal, A.C. / Surovsteva, Y. / Chiu, J.E. / Thekkiniath, J. / Plummer, M. / Hungerford, W. / Montgomery, M.L. / Hosford, A. / Adams, E.M. / Lightfoot, J.D. / Fox 3rd, D. / Ojo, K.K. / Staker, B.L. / Fuller, K. / Ben Mamoun, C.
履歴
登録2021年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase CAB1
B: Pantothenate kinase CAB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,52013
ポリマ－83,9482
非ポリマー1,57211
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.969, 92.109, 99.099
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pantothenate kinase CAB1 / Coenzyme A biosynthesis protein 1 / Pantothenic acid kinase CAB1


分子量: 41974.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CAB1, YDR531W / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04430, pantothenate kinase

-
非ポリマー , 5種, 234分子

#2: 化合物 ChemComp-E4C / (8S)-2-{[(4-tert-butylphenyl)methyl]amino}-5-[(piperidin-1-yl)methyl][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(6H)-one


分子量: 394.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Li Sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→99.1 Å / Num. obs: 30602 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2235 / CC1/2: 0.884 / Rpim(I) all: 0.216 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UJ5

6uj5


解像度: 2.4→65.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 7.045 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2325 1566 4.9 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.1835 30602 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 136.12 Å2 / Biso mean: 35.012 Å2 / Biso min: 7.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.89 Å20 Å2-0 Å2
2--0.65 Å2-0 Å2
3----2.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→65.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4984 0 104 223 5311
Biso mean--37.18 34.25 -
残基数----638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0125227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.6387069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2745644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.25524.206252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.75815845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2691512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024016
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 124 -
Rwork0.216 2235 -
all-2359 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る