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万見
- PDB-7t14: Hexameric SIVmac CA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t14
タイトルHexameric SIVmac CA
要素Capsid protein p24カプシド
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Capsid (カプシド)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, N-terminal / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal ...Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, N-terminal / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Jacques, D.A. / James, L.C.
資金援助 オーストラリア, 英国, European Union, 6件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP180101384 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1158338 オーストラリア
Wellcome Trust214344/Z/18/Z 英国
Wellcome Trust108183 英国
Wellcome Trust220863 英国
European Research Council (ERC)339223European Union
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Evasion of cGAS and TRIM5 defines pandemic HIV.
著者: Zuliani-Alvarez, L. / Govasli, M.L. / Rasaiyaah, J. / Monit, C. / Perry, S.O. / Sumner, R.P. / McAlpine-Scott, S. / Dickson, C. / Rifat Faysal, K.M. / Hilditch, L. / Miles, R.J. / Bibollet- ...著者: Zuliani-Alvarez, L. / Govasli, M.L. / Rasaiyaah, J. / Monit, C. / Perry, S.O. / Sumner, R.P. / McAlpine-Scott, S. / Dickson, C. / Rifat Faysal, K.M. / Hilditch, L. / Miles, R.J. / Bibollet-Ruche, F. / Hahn, B.H. / Boecking, T. / Pinotsis, N. / James, L.C. / Jacques, D.A. / Towers, G.J.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
B: Capsid protein p24
C: Capsid protein p24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4583
ポリマ－76,4583
非ポリマー00
水9,242513
1
A: Capsid protein p24
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,9166
ポリマ－152,9166
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation5_665y+1,-x+y+1,z1
crystal symmetry operation6_545x-y,x-1,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area62580 Å2
手法PISA
2
B: Capsid protein p24
C: Capsid protein p24

B: Capsid protein p24
C: Capsid protein p24

B: Capsid protein p24
C: Capsid protein p24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,9166
ポリマ－152,9166
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area11880 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area61170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.102, 153.102, 62.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / カプシド


分子量: 25486.045 Da / 分子数: 3 / 変異: P13C, E44C, W182A, M183A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (MM251 ISOLATE) (サル免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A7D6GPL1
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallant: 10% (w/v) PEG 6000, 5% (w/v) MPD, 100 mM HEPES (pH 7.5). Crystals grew in 200 nL protein (12 mg/ml) + 200 nL crystallant. Cryoprotected in 20% (v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→29.29 Å / Num. obs: 39855 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 206402
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.25-2.325.20.7241830235160.7820.3480.8052.695.6
8.99-29.295.30.03334366540.9990.0160.03734.897.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.98 Å29.29 Å
Translation4.98 Å29.29 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.3.8データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H47

3h47


解像度: 2.25→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 11.642 / SU ML: 0.149 / SU R Cruickshank DPI: 0.2543 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2283 1934 4.9 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
obs0.1908 37920 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.75 Å2 / Biso mean: 26.719 Å2 / Biso min: 7.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.06 Å20 Å2
2--0.11 Å2-0 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4987 0 0 513 5500
Biso mean---33.77 -
残基数----647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9061.9596940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73311057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6055643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41725.365233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26515832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6141527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021135
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.307 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 130 -
Rwork0.231 2699 -
obs--96.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4295-0.0214-2.12141.08831.28149.77840.02340.02210.1582-0.06790.0169-0.0304-0.11060.354-0.04040.01260.00230.0090.02410.02610.1063143.618-11.2839-23.4208
20.89840.0363-0.5111.11560.19993.048-0.03540.17710.0161-0.1862-0.02240.12490.1373-0.22140.05770.054-0.0007-0.01480.0453-0.00110.0956131.5089-19.6973-25.5575
32.3395-1.1137-0.32113.18950.75581.699-0.0974-0.1417-0.07510.15450.09530.14880.0545-0.05760.00210.00890.00740.01080.02270.01790.069115.53643.4963-2.4043
41.87870.6754-1.58891.7019-3.15610.85770.0084-0.07220.06180.0695-0.00890.064-0.0544-0.27710.00050.0235-0.0050.01640.0246-0.0260.115290.6975-47.52117.7488
51.0007-0.4344-0.31841.4531-0.5892.4417-0.0835-0.1730.05050.2882-0.0639-0.1757-0.01630.21970.14740.0651-0.0059-0.04920.0568-0.00620.1551105.4674-47.29549.5015
60.98910.55130.06394.5063-0.6591.1309-0.0929-0.0291-0.0575-0.3668-0.0083-0.26530.01630.00760.10110.0445-0.02050.02120.0452-0.0040.1165105.0802-19.614-13.3562
71.6174-0.52952.50663.1064-3.52219.62030.0352-0.0506-0.09270.086-0.06010.13350.27580.04320.02490.0350.00280.03780.0561-0.00460.139286.6574-33.52277.8922
80.87970.27570.07731.2996-0.7482.94510.0126-0.1830.07720.2871-0.055-0.0306-0.26650.14210.04250.0717-0.0148-0.01460.0756-0.0320.131393.7791-20.59229.9581
96.6184-1.91590.05091.8917-0.21982.52540.16810.31610.3993-0.0971-0.1551-0.1765-0.1669-0.0346-0.0130.03710.01380.02380.02010.03190.112768.0976-8.2724-14.7687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2A31 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3A142 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5B31 - 141
6X-RAY DIFFRACTION6B142 - 217
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 30
8X-RAY DIFFRACTION8C31 - 141
9X-RAY DIFFRACTION9C142 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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