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- PDB-7szl: Crystal structure of the Toll/interleukin-1 receptor domain of hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7szl
タイトルCrystal structure of the Toll/interleukin-1 receptor domain of human IL-1R10 (IL-1RAPL2)
要素X-linked interleukin-1 receptor accessory protein-like 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TIR domain / Interleukin-1 receptor / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-1, type II, blocking receptor activity / interleukin-1 receptor activity / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / regulation of presynapse assembly / central nervous system development / cell surface receptor signaling pathway / glutamatergic synapse / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor type II / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Immunoglobulin domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain ...Interleukin-1 receptor type II / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Immunoglobulin domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
X-linked interleukin-1 receptor accessory protein-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nimma, S. / Gu, W. / Manik, M.K. / Ve, T. / Nanson, J.D. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FL180100109, FT200100572 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1107804, 1160570, 1071659 オーストラリア
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain of IL-1R10 provides structural insights into TIR domain signalling.
著者: Nimma, S. / Gu, W. / Manik, M.K. / Ve, T. / Nanson, J.D. / Kobe, B.
履歴
登録2021年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: X-linked interleukin-1 receptor accessory protein-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9201
ポリマ－18,9201
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.655, 50.655, 181.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 X-linked interleukin-1 receptor accessory protein-like 2 / IL-1 receptor accessory protein-like 2 / IL-1-RAPL-2 / IL-1RAPL-2 / IL1RAPL-2 / IL1RAPL-2-related ...IL-1 receptor accessory protein-like 2 / IL-1-RAPL-2 / IL-1RAPL-2 / IL1RAPL-2 / IL1RAPL-2-related protein / IL-1R10


分子量: 18919.918 Da / 分子数: 1 / 断片: TIR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1RAPL2, IL1R9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NP60, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.13 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.4 M sodium malonate, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→38.88 Å / Num. obs: 11338 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 24.8 % / Biso Wilson estimate: 64.98 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 27 % / Num. unique obs: 1066 / CC1/2: 0.941 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T3G

1t3g


解像度: 2.3→38.88 Å / SU ML: 0.2077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.6377
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 572 5.08 %
Rwork0.2385 10692 -
obs0.2396 11264 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1283 0 0 2 1285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00231309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43171763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0409196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8661803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.530.33381440.30272582X-RAY DIFFRACTION99.96
2.53-2.90.2811300.3052621X-RAY DIFFRACTION99.96
2.9-3.650.34041470.27562660X-RAY DIFFRACTION100
3.65-38.880.22711510.21232829X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.391906236781.98326154826-1.377522809656.25160655152-1.744391077645.88922985051-0.0471482060150.0924939702003-0.551502956175-0.3934459679090.3886956604050.5802062468730.3898181129160.0275975135271-0.2217679420080.9735080855670.0103151723169-0.08955352914510.472029028713-0.001669462262720.639472753025-14.9941786685-13.9729803049-17.7058425975
23.06454746813-1.055007852822.495699882643.88875234639-3.399624042758.708963450720.413479745630.567583343015-0.656560998109-0.4929095768750.0475662591254-0.02456805986331.789494464121.21948770533-0.5408327333950.9415979659220.267695984961-0.03422071828570.801921260946-0.1121190157030.696226396937-2.27204270048-13.5573447767-16.6904827174
37.690433282061.275237903174.222378916956.44554108283-0.62926931544.998945403380.619773921084-0.410666286445-0.315508241232-0.5612153305530.1637783571140.2782340658720.286368475839-0.497702718725-0.4590380074570.518373958574-0.0974211817309-0.0849046003680.4691118188530.04757209240660.493539117645-10.283327917-7.99516635243-8.88185178346
43.9266948327-2.496549056053.76783914632.15153530127-2.677431013224.21264215952-0.2561268043870.4421089331560.1756189731280.0846959755051-0.659060824194-0.931767596719-0.5072021285250.7122606867930.2951065542350.701467648572-0.0796484055915-0.05684789123510.6750248631340.1049320685290.7980255733080.415488400142-1.03264515988-6.94829827756
53.84592067297-0.3447429940122.241688525128.34927522699-2.279057972224.26372327918-0.240848101939-0.3655227120.5831411687170.004796966197580.442050357450.928023255664-0.233745039174-1.20614801228-0.2156117781860.6066551685970.0434669159559-0.0572028742310.6834434620370.07133126727980.663954614105-15.8739748514-0.68060893553-6.24852851948
64.856038856521.966141314981.399163387835.27781631518-0.7156083541278.9002196086-0.4487483306530.4191756894641.14089417705-0.7743948519610.1662261467510.944197856416-0.818215018833-0.07731165557970.2524379878840.8427824265980.0216917517133-0.1066337039570.4324906746180.01272350577550.558166255011-18.6075007743-1.49929168117-21.302980173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 66 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 99 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 100 through 127 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 128 through 159 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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