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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7szh | ||||||
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タイトル | Structure of the Rieske Non-heme Iron Oxygenase SxtT with beta-saxitoxinol Bound | ||||||
![]() | SxtT | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Saxitoxin GxtA Rieske oxygenase metalloprotein iron-sulfur cluster non-heme iron | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bridwell-Rabb, J. / Liu, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Design principles for site-selective hydroxylation by a Rieske oxygenase. 著者: Liu, J. / Tian, J. / Perry, C. / Lukowski, A.L. / Doukov, T.I. / Narayan, A.R.H. / Bridwell-Rabb, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 260.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 190.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 11.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 11.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 38432.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 868分子 ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/D82.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/D82.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 10% v/v glycerol, 20 mM beta-saxitoxin |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 129304 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 33.84 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 22.05 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.9 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 20590 / CC1/2: 0.815 / Rrim(I) all: 1.702 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6WN3 解像度: 1.79→48.63 Å / SU ML: 0.2155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2665 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→48.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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