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万見
- PDB-7sz3: Mouse PARP13/ZAP ZnF5-WWE1-WWE2 bound to ADPr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sz3
タイトルMouse PARP13/ZAP ZnF5-WWE1-WWE2 bound to ADPr
要素Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / PARP13 / ZAP / WWE / ADPr / Poly-ADPribose
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RIG-I signaling pathway / DEAD/H-box RNA helicase binding / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of type I interferon production / response to virus / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction ...positive regulation of RIG-I signaling pathway / DEAD/H-box RNA helicase binding / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of type I interferon production / response to virus / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #50 / ZAP, zinc finger / ZAP, helix turn helix N-terminal domain / Zap helix turn helix N-terminal domain / Zinc-finger antiviral protein (ZAP) zinc finger domain 3 / WWE domain / PARP12-like CCCH zinc finger tandem / : / WWE domain / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 ...Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #50 / ZAP, zinc finger / ZAP, helix turn helix N-terminal domain / Zap helix turn helix N-terminal domain / Zinc-finger antiviral protein (ZAP) zinc finger domain 3 / WWE domain / PARP12-like CCCH zinc finger tandem / : / WWE domain / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / PHOSPHATE ION / Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ayanath Kuttiyatveetil, J.R. / Pascal, J.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Crystal structures and functional analysis of the ZnF5-WWE1-WWE2 region of PARP13/ZAP define a distinctive mode of engaging poly(ADP-ribose).
著者: Kuttiyatveetil, J.R.A. / Soufari, H. / Dasovich, M. / Uribe, I.R. / Mirhasan, M. / Cheng, S.J. / Leung, A.K.L. / Pascal, J.M.
履歴
登録2021年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
B: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,38313
ポリマ－47,4162
非ポリマー1,96811
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.415, 87.415, 128.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-830-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 485 - 666 / Label seq-ID: 10 - 191

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 13 / ARTD13 / Inactive Poly [ADP-ribose] polymerase 13 / PARP13


分子量: 23707.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Zc3hav1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3UPF5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.4 M Na/K phosphate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18057 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18057 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.04 Å / Num. obs: 29530 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 28.7 / Num. measured all: 648133
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 22.4 % / Rmerge(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 2519 / CC1/2: 0.849 / Rpim(I) all: 0.483 / Rrim(I) all: 2.321 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 11.442 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2305 2605 8.9 %RANDOM
Rwork0.1926 ---
obs0.1959 26802 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.79 Å2 / Biso mean: 58.912 Å2 / Biso min: 37.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20.59 Å2-0 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3----3.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2990 0 119 113 3222
Biso mean--86.42 60.81 -
残基数----354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.6524356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2261.5766502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0445352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.42721.204191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.24115523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5931525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02820
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5562 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 182 -
Rwork0.38 1915 -
all-2097 -
obs--98.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17480.17750.7981.87990.00254.843-0.08990.00810.0852-0.150.09610.2845-0.4733-0.008-0.00620.09270.0010.00980.01370.01230.20219.327664.491143.8876
20.5654-0.30120.83471.11470.18134.46330.01390.1221-0.11580.01780.018-0.03010.12380.1729-0.03190.00410.0045-0.00430.0385-0.05210.107516.885547.273752.2587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A485 - 705
2X-RAY DIFFRACTION2B486 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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