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- PDB-7sxp: G-quadruplex structure formed in the NRAS mRNA with a G8U substitution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sxp
タイトルG-quadruplex structure formed in the NRAS mRNA with a G8U substitution
要素NRAS mRNA
キーワードRNA / G-quadruplex / NRAS
機能・相同性CACODYLIC ACID / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Banco, M.T. / Ferre-D'Amare, A.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Investigating the NRAS 5' UTR as a target for small molecules.
著者: Balaratnam, S. / Torrey, Z.R. / Calabrese, D.R. / Banco, M.T. / Yazdani, K. / Liang, X. / Fullenkamp, C.R. / Seshadri, S. / Holewinski, R.J. / Andresson, T. / Ferre-D'Amare, A.R. / Incarnato, ...著者: Balaratnam, S. / Torrey, Z.R. / Calabrese, D.R. / Banco, M.T. / Yazdani, K. / Liang, X. / Fullenkamp, C.R. / Seshadri, S. / Holewinski, R.J. / Andresson, T. / Ferre-D'Amare, A.R. / Incarnato, D. / Schneekloth Jr., J.S.
履歴
登録2021年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NRAS mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6366
ポリマ－7,2421
非ポリマー3935
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.402, 36.402, 70.103
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

K

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要素

#1: RNA鎖 NRAS mRNA


分子量: 7242.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CAD / CACODYLIC ACID / HYDROXYDIMETHYLARSINE OXIDE / ジメチルアルシン酸


分子量: 137.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7AsO2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 - 25 % PEG 3350, 80 mM sodium chloride and 100 mM BIS-TRIS pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1.104 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.104 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→31.53 Å / Num. obs: 2556 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 88.13 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.32→2.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 305 / CC1/2: 0.468 / Rpim(I) all: 0.678

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487+SVN精密化
PHENIX1.19.2_4158位相決定
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→31.53 Å / SU ML: 0.1496 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.7152
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 61 4.58 %
Rwork0.2408 1270 -
obs0.2421 1331 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→31.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 412 13 0 425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6193732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3227223
LS精密化 シェル解像度: 2.9→31.53 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 61 -
Rwork0.2408 1270 -
obs--98.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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