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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sxn | ||||||
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タイトル | Orb2A residues 1-9 MYNKFVNFI | ||||||
要素 | Orb2A residues 1-9 MYNKFVNFI | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / amyloid / long-term memory / micro-ED / Orb2A | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.05 Å | ||||||
データ登録者 | Bowler, J.T. / Sawaya, M.R. / Boyer, D.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022 タイトル: Micro-electron diffraction structure of the aggregation-driving N terminus of Drosophila neuronal protein Orb2A reveals amyloid-like β-sheets. 著者: Jeannette T Bowler / Michael R Sawaya / David R Boyer / Duilio Cascio / Manya Bali / David S Eisenberg / 要旨: Amyloid protein aggregation is commonly associated with progressive neurodegenerative diseases, however not all amyloid fibrils are pathogenic. The neuronal cytoplasmic polyadenylation element ...Amyloid protein aggregation is commonly associated with progressive neurodegenerative diseases, however not all amyloid fibrils are pathogenic. The neuronal cytoplasmic polyadenylation element binding protein is a regulator of synaptic mRNA translation and has been shown to form functional amyloid aggregates that stabilize long-term memory. In adult Drosophila neurons, the cytoplasmic polyadenylation element binding homolog Orb2 is expressed as 2 isoforms, of which the Orb2B isoform is far more abundant, but the rarer Orb2A isoform is required to initiate Orb2 aggregation. The N terminus is a distinctive feature of the Orb2A isoform and is critical for its aggregation. Intriguingly, replacement of phenylalanine in the fifth position of Orb2A with tyrosine (F5Y) in Drosophila impairs stabilization of long-term memory. The structure of endogenous Orb2B fibers was recently determined by cryo-EM, but the structure adopted by fibrillar Orb2A is less certain. Here we use micro-electron diffraction to determine the structure of the first 9 N-terminal residues of Orb2A, at a resolution of 1.05 Å. We find that this segment (which we term M9I) forms an amyloid-like array of parallel in-register β-sheets, which interact through side chain interdigitation of aromatic and hydrophobic residues. Our structure provides an explanation for the decreased aggregation observed for the F5Y mutant and offers a hypothesis for how the addition of a single atom (the tyrosyl oxygen) affects long-term memory. We also propose a structural model of Orb2A that integrates our structure of the M9I segment with the published Orb2B cryo-EM structure. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sxn.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sxn.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7sxn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sxn_validation.pdf.gz | 383.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sxn_full_validation.pdf.gz | 383 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7sxn_validation.xml.gz | 2.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sxn_validation.cif.gz | 2.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/7sxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/7sxn | HTTPS FTP |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1176.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Amyloid fibril of Orb2A residues 1-9 MYNKFVNFI / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 4.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-データ収集
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: DIFFRACTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
撮影 | 電子線照射量: 0.01 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM回折 | カメラ長: 1344 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM回折 シェル | 解像度: 1.05→1.08 Å / フーリエ空間範囲: 69.9 % / 多重度: 7.2 / 構造因子数: 1101 / 位相残差: 0.1 ° | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 83.3 % / 再高解像度: 1.05 Å / 測定した強度の数: 36014 / 構造因子数: 2596 / 位相誤差の除外基準: 0.1 / Rmerge: 15.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射光源 | 由来: ELECTRON MICROSCOPE / 波長: 0.0251 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | 日付: 2018年10月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.0251 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.05→18.262 Å / Num. obs: 2596 / % possible obs: 83.3 % / 冗長度: 13.873 % / Biso Wilson estimate: 12.406 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 0.835 / Net I/σ(I): 8.24 / Num. measured all: 36014 / Scaling rejects: 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 92 ° / ∠γ: 90 ° / A: 4.83 Å / B: 23.1 Å / C: 29.8 Å / 空間群名: P21 / 空間群番号: 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 1.05→18.262 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.226 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.045 詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.716 Å2
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拘束条件 |
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