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- PDB-7sxg: BIO-8546 bound GSK3alpha-axin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sxg
タイトルBIO-8546 bound GSK3alpha-axin complex
要素
  • Axin peptide
  • Glycogen synthase kinase-3 alpha
キーワードHYDROLASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of UDP-glucose catabolic process / negative regulation of glycogen synthase activity, transferring glucose-1-phosphate / positive regulation of glycogen (starch) synthase activity / : / positive regulation of heart contraction / : / cardiac left ventricle morphogenesis / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / proximal dendrite / regulation of autophagy of mitochondrion ...negative regulation of UDP-glucose catabolic process / negative regulation of glycogen synthase activity, transferring glucose-1-phosphate / positive regulation of glycogen (starch) synthase activity / : / positive regulation of heart contraction / : / cardiac left ventricle morphogenesis / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / proximal dendrite / regulation of autophagy of mitochondrion / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of dendrite development / negative regulation of glycogen biosynthetic process / regulation of systemic arterial blood pressure / XBP1(S) activates chaperone genes / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / Suppression of apoptosis / apical dendrite / beta-catenin destruction complex / tau-protein kinase / negative regulation of glucose import / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / negative regulation of TOR signaling / cellular response to glucocorticoid stimulus / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / Maturation of nucleoprotein / AKT phosphorylates targets in the cytosol / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / tau-protein kinase activity / glycogen metabolic process / cellular response to lithium ion / regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / protein kinase A catalytic subunit binding / positive regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of protein ubiquitination / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / tau protein binding / cellular response to insulin stimulus / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell migration / insulin receptor signaling pathway / nervous system development / peptidyl-serine phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynapse / microtubule / viral protein processing / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D1E / Glycogen synthase kinase-3 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chodaparambil, J.V.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2023
タイトル: Elucidation of the GSK3 alpha Structure Informs the Design of Novel, Paralog-Selective Inhibitors.
著者: Amaral, B. / Capacci, A. / Anderson, T. / Tezer, C. / Bajrami, B. / Lulla, M. / Lucas, B. / Chodaparambil, J.V. / Marcotte, D. / Kumar, P.R. / Murugan, P. / Spilker, K. / Cullivan, M. / Wang, ...著者: Amaral, B. / Capacci, A. / Anderson, T. / Tezer, C. / Bajrami, B. / Lulla, M. / Lucas, B. / Chodaparambil, J.V. / Marcotte, D. / Kumar, P.R. / Murugan, P. / Spilker, K. / Cullivan, M. / Wang, T. / Peterson, A.C. / Enyedy, I. / Ma, B. / Chen, T. / Yousaf, Z. / Calhoun, M. / Golonzhka, O. / Dillon, G.M. / Koirala, S.
履歴
登録2021年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 alpha
B: Axin peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6503
ポリマ－41,1832
非ポリマー4671
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.881, 55.813, 66.807
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.325, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 alpha / GSK-3 alpha / Serine/threonine-protein kinase GSK3A


分子量: 39045.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49840, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Axin peptide


分子量: 2137.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-D1E / (4S,5R,8R)-4-ethyl-8-fluoro-4-[3-(3-fluoro-5-methoxypyridin-4-yl)phenyl]-7,7-dimethyl-4,5,6,7,8,9-hexahydro-2H-pyrazolo[3,4-b]quinolin-5-ol


分子量: 466.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28F2N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M BisTRIS pH 7.0, 5% Glycerol and 17% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→66.26 Å / Num. obs: 16932 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 57.5 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.26
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Num. unique obs: 1690 / CC1/2: 0.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5kpl

5kpl


解像度: 2.4→66.26 Å / SU ML: 0.3015 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8353
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 849 5.02 %
Rwork0.2315 16076 -
obs0.233 16925 96.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→66.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2714 0 34 27 2775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00272826
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89023865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1205441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.8843390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.550.32911430.30482693X-RAY DIFFRACTION98.27
2.55-2.750.32361430.28822670X-RAY DIFFRACTION98.25
2.75-3.020.32591450.26742747X-RAY DIFFRACTION98.87
3.02-3.460.29991190.27012501X-RAY DIFFRACTION90.44
3.46-4.360.26441470.20592718X-RAY DIFFRACTION98.52
4.36-66.260.21631520.21062747X-RAY DIFFRACTION96.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.741814412511.029590998270.2989729694363.05349861845-1.505117525113.84786234639-0.3918510626281.986840972560.867388807979-0.5814944360240.233292832941-0.177557989695-0.6546765243851.189643886060.04633611049470.59278275699-0.1232869257650.02375965012461.445046494730.2273954413320.809296984316-3.79070009898-17.758604853517.5037842646
23.7330779652-0.3023584673110.6961359049331.73431771510.09063454309275.381754461810.04136002613320.3511550905590.0868386711647-0.0601075494845-0.108540544435-0.02561555846360.1039505644770.2807194386170.062311576760.38328435379-0.00794536015665-0.007044920661660.240550286945-0.004039180777460.420040922642-26.7272301333-25.983029001724.848125647
35.754062973360.169157513781-0.6549670027811.296798365691.721124081227.906739974340.1062312303141.26981389379-0.279712268248-0.345583893774-0.1564459909080.1373309868890.7528548687130.1600027661590.01079529757060.6846561788780.0550969650096-0.07759398419880.599717267335-0.1207143501970.5589985309-29.1589992097-36.348261699612.1099659756
49.31824499995-2.730063018172.450421140265.5686465968-1.21938422277.38954335150.049127685526-1.154175045942.171848353940.72413895786-0.199644636627-0.12311279157-1.24241760214-0.3005350702250.006966444047930.954299027012-0.1715174264710.2564127330640.623402443285-0.2734796510471.00101646316-36.6066626142-21.965036042745.1156525866
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 103 through 196 )AA103 - 1961 - 85
22chain 'A' and (resid 197 through 363 )AA197 - 36386 - 252
33chain 'A' and (resid 364 through 445 )AA364 - 445253 - 334
44chain 'B' and (resid 383 through 400 )BC383 - 4001 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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