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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sx6 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of broadly neutralizing antibody N49P9.3 Fab in complex with HIV-1 Clade A/E strain 93TH057 gp120 core | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV-1 / VRC01-CLASS ANTIBODY / CD4 BINDING SITE / CLADE A/E 93TH057 GP120 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / N49P9.3 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||||||||
機能・相同性 | Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / viral envelope / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tolbert, W.D. / Pazgier, M. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of broadly neutralizing antibody N49P9.3 Fab in complex with HIV-1 Clade A/E strain 93TH057 gp120 core 著者: Tolbert, W.D. / Pazgier, M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sx6.cif.gz | 622.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sx6.ent.gz | 519.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sx6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sx6_validation.pdf.gz | 518.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sx6_full_validation.pdf.gz | 570.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7sx6_validation.xml.gz | 58.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sx6_validation.cif.gz | 77.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/7sx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/7sx6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6oz3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 4分子 HBLC
#2: 抗体 | 分子量: 24321.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 21763.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 22分子 GA
#1: タンパク質 | 分子量: 39356.613 Da / 分子数: 2 / 変異: H375S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: HIV-1 Env / Cell (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9 #4: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 5分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 4000 0.1 M HEPES pH 7.5 0.1 M magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 25011 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1163 / CC1/2: 0.513 / Rpim(I) all: 0.725 / % possible all: 92.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6OZ3 解像度: 3.4→35.46 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 35.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→35.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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