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- PDB-7sws: Crystal structure of the chromoprotein amilCP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sws
タイトルCrystal structure of the chromoprotein amilCP
要素Chromoprotein amilCP
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / chromoprotein
機能・相同性BROMIDE ION
機能・相同性情報
生物種Acropora millepora (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.642 Å
データ登録者Caputo, A.T. / Newman, J. / Scott, C. / Ahmed, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Over the rainbow: structural characterization of the chromoproteins gfasPurple, amilCP, spisPink and eforRed.
著者: Ahmed, F.H. / Caputo, A.T. / French, N.G. / Peat, T.S. / Whitfield, J. / Warden, A.C. / Newman, J. / Scott, C.
履歴
登録2021年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromoprotein amilCP
B: Chromoprotein amilCP
C: Chromoprotein amilCP
D: Chromoprotein amilCP
E: Chromoprotein amilCP
F: Chromoprotein amilCP
G: Chromoprotein amilCP
H: Chromoprotein amilCP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,36218
ポリマ－199,9638
非ポリマー39910
水20,4651136
1
C: Chromoprotein amilCP
ヘテロ分子

A: Chromoprotein amilCP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1425
ポリマ－49,9912
非ポリマー1513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17530 Å2
手法PISA
2
B: Chromoprotein amilCP
D: Chromoprotein amilCP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0624
ポリマ－49,9912
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17600 Å2
手法PISA
3
E: Chromoprotein amilCP
ヘテロ分子

G: Chromoprotein amilCP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0624
ポリマ－49,9912
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17510 Å2
手法PISA
4
F: Chromoprotein amilCP
H: Chromoprotein amilCP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0975
ポリマ－49,9912
非ポリマー1063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.524, 131.742, 93.671
Angle α, β, γ (deg.)90, 100.75, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Chromoprotein amilCP


分子量: 24995.426 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 63-65 are autocatalytically converted from the sequence QYG to the chromophore modelled in the structure
由来: (組換発現) Acropora millepora (無脊椎動物) / プラスミド: pETcc2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% w/v polyethylene glycol 3350, 0.2 M sodium bromide, 0.1 M bis-tris propane chloride (pH 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.642→92.026 Å / Num. obs: 108877 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.642→1.797 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.181 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5444 / CC1/2: 0.659 / Rpim(I) all: 0.467 / Rrim(I) all: 1.271 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7SWR

7swr


解像度: 1.642→92.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.226 / SU Rfree Blow DPI: 0.165
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 5415 -RANDOM
Rwork0.1943 ---
obs0.1954 108876 52.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2444 Å20 Å2-3.258 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3----3.1344 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.642→92.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13992 0 10 1136 15138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00927982HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0350519HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8008SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4341HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14440HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1767SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20652SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.91
LS精密化 シェル解像度: 1.642→1.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2725 112 -
Rwork0.2582 --
obs--7.66 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6097-0.06490.37450.6238-0.08531.1352-0.05750.1195-0.11640.1195-0.03050.0893-0.11640.08930.0880.0637-0.0162-0.0769-0.0656-0.0037-0.06782.5145-32.65119.4657
20.55050.05940.2310.44890.06080.9532-0.1441-0.1694-0.1976-0.1694-0.0284-0.1116-0.1976-0.11160.17250.1470.0334-0.1419-0.0647-0.0083-0.0456-3.0777-31.7796-31.9788
31.2642-0.26050.90810.7928-0.12631.55840.1963-0.02190.1771-0.02190.0289-0.00540.1771-0.0054-0.22520.0148-0.0096-0.0858-0.0783-0.0105-0.02674.46092.3644-12.2143
40.8485-0.08440.33520.8803-0.24771.4464-0.0124-0.08080.16-0.08080.0027-0.01150.16-0.01150.00980.08410.0011-0.0195-0.0607-0.0053-0.12321.0568-63.0653-35.15
50.94760.03780.46860.94520.28421.86860.017-0.00470.0274-0.00470.10810.38320.02740.3832-0.1251-0.0688-0.0021-0.0510.0852-0.0657-0.080335.00879.4135-12.8519
60.72190.11740.40070.84170.1481.50370.05540.02950.07010.0295-0.00660.13780.07010.1378-0.04880.02020.0124-0.0476-0.01290.0201-0.082832.2692-58.6346-35.8815
71.39750.08050.28960.5873-0.43772.0481-0.21960.0742-0.71310.07420.047-0.3228-0.7131-0.32280.17260.19890.1657-0.1551-0.0737-0.0515-0.025743.3986-26.12866.8888
80.6216-0.1836-0.11770.94220.3581.2323-0.0207-0.1397-0.232-0.1397-0.00920.1068-0.2320.10680.02990.119-0.0619-0.0567-0.07150.0472-0.095828.0737-27.9579-29.613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 221
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A301
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 221
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B301
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 221
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C301
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D2 - 221
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D301
9X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E2 - 221
10X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E301
11X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F2 - 221
12X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F301
13X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G2 - 221
14X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G301
15X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H2 - 221
16X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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