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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7swc | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of proteinase K from a 550 nm thick lamella measured at 300 kV | |||||||||
![]() | Proteinase K | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Serine protease | |||||||||
機能・相同性 | ![]() peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / ![]() | |||||||||
![]() | Martynowycz, M.W. / Clabbers, M.T.B. / Unge, J. / Hattne, J. / Gonen, T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Benchmarking the ideal sample thickness in cryo-EM. 著者: Michael W Martynowycz / Max T B Clabbers / Johan Unge / Johan Hattne / Tamir Gonen / ![]() 要旨: The relationship between sample thickness and quality of data obtained is investigated by microcrystal electron diffraction (MicroED). Several electron microscopy (EM) grids containing proteinase K ...The relationship between sample thickness and quality of data obtained is investigated by microcrystal electron diffraction (MicroED). Several electron microscopy (EM) grids containing proteinase K microcrystals of similar sizes from the same crystallization batch were prepared. Each grid was transferred into a focused ion beam and a scanning electron microscope in which the crystals were then systematically thinned into lamellae between 95- and 1,650-nm thick. MicroED data were collected at either 120-, 200-, or 300-kV accelerating voltages. Lamellae thicknesses were expressed in multiples of the corresponding inelastic mean free path to allow the results from different acceleration voltages to be compared. The quality of the data and subsequently determined structures were assessed using standard crystallographic measures. Structures were reliably determined with similar quality from crystalline lamellae up to twice the inelastic mean free path. Lower resolution diffraction was observed at three times the mean free path for all three accelerating voltages, but the data quality was insufficient to yield structures. Finally, no coherent diffraction was observed from lamellae thicker than four times the calculated inelastic mean free path. This study benchmarks the ideal specimen thickness with implications for all cryo-EM methods. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25470MC ![]() 7svyC ![]() 7svzC ![]() 7sw0C ![]() 7sw1C ![]() 7sw2C ![]() 7sw3C ![]() 7sw4C ![]() 7sw5C ![]() 7sw6C ![]() 7sw7C ![]() 7sw8C ![]() 7sw9C ![]() 7swaC ![]() 7swbC ![]() 6cl7S |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Proteinase K / タイプ: COMPLEX / 詳細: Serine protease / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.0289 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Microcrystals |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-データ収集
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 90 K / 最低温度: 77 K |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 0.01 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / Num. of diffraction images: 120 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1 詳細: 0.5 degrees per second, 1 second readout, 30 to -30 degrees. |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 28 µm / 横: 2048 / 縦: 2048 |
EM回折 | カメラ長: 2460 mm |
EM回折 シェル | 解像度: 2.9→3.19 Å / フーリエ空間範囲: 90 % / 多重度: 3 / 構造因子数: 2217 / 位相残差: 32 ° |
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 90 % / 再高解像度: 2.9 Å / 測定した強度の数: 27529 / 構造因子数: 9511 / 位相誤差: 25 ° / 位相誤差の除外基準: None / Rmerge: 44 / Rsym: 23 |
検出器 | 日付: 2020年10月1日 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 27529 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 18.26 Å2 / CC1/2: 0.773 / Rmerge(I) obs: 0.436 / Rpim(I) all: 0.231 / Rrim(I) all: 0.534 / Net I/σ(I): 2.43 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.926 / Num. unique obs: 2085 / CC1/2: 0.384 / Rrim(I) all: 1.133 / Net I/σ(I) obs: 1.14 / % possible all: 90.4 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Binned by 2. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 68.51 Å / B: 68.51 Å / C: 104.86 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 5 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Maximum likelihood | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6CL7 PDB chain-ID: A / Accession code: 6CL7 / Pdb chain residue range: 106-384 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6CL7 解像度: 2.9→29.41 Å / SU ML: 0.3908 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.0326 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 4.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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