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- PDB-7swa: MicroED structure of proteinase K from a 320 nm thick lamella mea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7swa
タイトルMicroED structure of proteinase K from a 320 nm thick lamella measured at 300 kV
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE / Serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Martynowycz, M.W. / Clabbers, M.T.B. / Unge, J. / Hattne, J. / Gonen, T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Benchmarking the ideal sample thickness in cryo-EM.
著者: Michael W Martynowycz / Max T B Clabbers / Johan Unge / Johan Hattne / Tamir Gonen /
要旨: The relationship between sample thickness and quality of data obtained is investigated by microcrystal electron diffraction (MicroED). Several electron microscopy (EM) grids containing proteinase K ...The relationship between sample thickness and quality of data obtained is investigated by microcrystal electron diffraction (MicroED). Several electron microscopy (EM) grids containing proteinase K microcrystals of similar sizes from the same crystallization batch were prepared. Each grid was transferred into a focused ion beam and a scanning electron microscope in which the crystals were then systematically thinned into lamellae between 95- and 1,650-nm thick. MicroED data were collected at either 120-, 200-, or 300-kV accelerating voltages. Lamellae thicknesses were expressed in multiples of the corresponding inelastic mean free path to allow the results from different acceleration voltages to be compared. The quality of the data and subsequently determined structures were assessed using standard crystallographic measures. Structures were reliably determined with similar quality from crystalline lamellae up to twice the inelastic mean free path. Lower resolution diffraction was observed at three times the mean free path for all three accelerating voltages, but the data quality was insufficient to yield structures. Finally, no coherent diffraction was observed from lamellae thicker than four times the calculated inelastic mean free path. This study benchmarks the ideal specimen thickness with implications for all cryo-EM methods.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9311
ポリマ－28,9311
非ポリマー00
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.340, 68.340, 105.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-465-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Proteinase K / タイプ: COMPLEX / 詳細: Serine protease / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.0289 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Microcrystals
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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データ収集

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 90 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 0.01 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / Num. of diffraction images: 120 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1
詳細: 0.5 degrees per second, 1 second readout, 30 to -30 degrees.
画像スキャンサンプリングサイズ: 28 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 2460 mm
EM回折 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / フーリエ空間範囲: 84 % / 多重度: 3 / 構造因子数: 2161 / 位相残差: 34 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 83 % / 再高解像度: 2.1 Å / 測定した強度の数: 71235 / 構造因子数: 22907 / 位相誤差: 25 ° / 位相誤差の除外基準: None / Rmerge: 30 / Rsym: 14
検出器日付: 2020年10月1日
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 71235 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.299 / Rpim(I) all: 0.144 / Rrim(I) all: 0.357 / Net I/σ(I): 3.61
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 5348 / CC1/2: 0.347 / Rrim(I) all: 1.441 / Net I/σ(I) obs: 1.02 / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
6Cootモデルフィッティング
11AIMLESScrystallography merging
12PHENIX３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
画像処理詳細: Binned by 2.
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 68.34 Å / B: 68.34 Å / C: 105.12 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 19 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Maximum likelihood
原子モデル構築PDB-ID: 6CL7

6cl7


PDB chain-ID: A / Accession code: 6CL7 / Pdb chain residue range: 106-384 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CL7

6cl7


解像度: 2.1→28.37 Å / SU ML: 0.3103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9701
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 1461 6.38 %
Rwork0.1985 21446 -
obs0.2015 22907 82.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2029 0 0 101 2130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.00582068
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.87992810
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.0502312
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.0049370
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d5.2767307
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.180.34471410.28462161ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY83.62
2.18-2.260.33751400.27592184ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY83.36
2.26-2.370.28841650.26452152ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY82.9
2.37-2.490.35951350.25362151ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY83.34
2.49-2.650.33291370.25272176ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY82.67
2.65-2.850.28841500.23022170ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY83.12
2.85-3.140.21771500.20832135ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY82.82
3.14-3.590.20371390.16792142ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY82.38
3.59-4.520.19071560.12932127ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY82.48
4.52-28.370.18851480.15412048ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY79.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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