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- PDB-7svt: Mycobacterium tuberculosis 3-hydroxyl-ACP dehydratase HadAB in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7svt
タイトルMycobacterium tuberculosis 3-hydroxyl-ACP dehydratase HadAB in complex with 1,3-diarylpyrazolyl-acylsulfonamide inhibitor
要素
  • (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
  • HadA
キーワードLYASE/INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / Tuberculosis drug discovery / 3-hydroxyl-ACP dehydratase / HadAB/BC / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / lipid binding protein / LYASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase 2 / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Dehydratase subunit HadA-like / N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / HotDog domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CI7 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / UPF0336 protein E5M05_06815 / Enoyl-CoA hydratase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Krieger, I.V. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: 1,3-Diarylpyrazolyl-acylsulfonamides Target HadAB/BC Complex in Mycobacterium tuberculosis .
著者: Singh, V. / Grzegorzewicz, A.E. / Fienberg, S. / Muller, R. / Khonde, L.P. / Sanz, O. / Alfonso, S. / Urones, B. / Drewes, G. / Bantscheff, M. / Ghidelli-Disse, S. / Ioerger, T.R. / Angala, B. ...著者: Singh, V. / Grzegorzewicz, A.E. / Fienberg, S. / Muller, R. / Khonde, L.P. / Sanz, O. / Alfonso, S. / Urones, B. / Drewes, G. / Bantscheff, M. / Ghidelli-Disse, S. / Ioerger, T.R. / Angala, B. / Liu, J. / Lee, R.E. / Sacchettini, J.C. / Krieger, I.V. / Jackson, M. / Chibale, K. / Ghorpade, S.R.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HadA
B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
H: HadA
I: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
O: HadA
P: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
V: HadA
W: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,14917
ポリマ－129,7908
非ポリマー2,3609
水1,58588
1
A: HadA
B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9924
ポリマ－32,4472
非ポリマー5452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
2
H: HadA
I: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9303
ポリマ－32,4472
非ポリマー4831
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
3
O: HadA
P: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2356
ポリマ－32,4472
非ポリマー7874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
4
V: HadA
W: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9924
ポリマ－32,4472
非ポリマー5452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.298, 107.197, 142.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 AHOVBIPW

#1: タンパク質
HadA


分子量: 17497.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045H4M9
#2: タンパク質
(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB


分子量: 14949.993 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045H5L3, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類

-
非ポリマー , 5種, 97分子

#3: 化合物
ChemComp-CI7 / 3-[1-(4-bromophenyl)-3-(4-chlorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]-N-(methanesulfonyl)propanamide


分子量: 482.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17BrClN3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M citric acid, pH 3.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.64 Å / Num. obs: 51577 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.217 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 299707 / Scaling rejects: 208
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.4761.9622637544220.5360.8592.1461.2100
9.9-48.645.30.04143088120.9980.0190.04623.897.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4rlw

4rlw


解像度: 2.4→45.38 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 2568 4.99 %
Rwork0.2173 48902 -
obs0.2203 51470 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.8 Å2 / Biso mean: 53.7115 Å2 / Biso min: 22.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→45.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8976 0 140 88 9204
Biso mean--47.7 45.22 -
残基数----1176
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.450.46511240.356327212845100
2.45-2.50.41581570.353926602817100
2.5-2.550.40751450.323626702815100
2.55-2.610.3441360.304126712807100
2.61-2.670.31771320.284827162848100
2.67-2.750.34881490.280526902839100
2.75-2.830.34521280.257126862814100
2.83-2.920.34551280.261827252853100
2.92-3.020.33321590.247326602819100
3.02-3.140.32071380.247627102848100
3.14-3.290.28961450.231627182863100
3.29-3.460.28021340.234627222856100
3.46-3.680.29721330.206127332866100
3.68-3.960.25731570.206127252882100
3.96-4.360.21971390.180527252864100
4.36-4.990.23321590.16422728288799
4.99-6.280.22451440.17732784292899
6.28-45.380.20151610.16682858301998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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