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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sva | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis Ago10-guide RNA complex | ||||||
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![]() | GENE REGULATION / miRNA / siRNA / RNA silencing / Argonaute / plant | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of shoot apical meristem development / primary shoot apical meristem specification / regulation of meristem structural organization / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA binding / plastid / somatic stem cell population maintenance / RNA endonuclease activity / regulation of translation ...regulation of shoot apical meristem development / primary shoot apical meristem specification / regulation of meristem structural organization / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA binding / plastid / somatic stem cell population maintenance / RNA endonuclease activity / regulation of translation / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||
![]() | Xiao, Y. / MacRae, I.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for RNA slicing by a plant Argonaute. 著者: Yao Xiao / Shintaro Maeda / Takanori Otomo / Ian J MacRae / ![]() 要旨: Argonaute (AGO) proteins use small RNAs to recognize transcripts targeted for silencing in plants and animals. Many AGOs cleave target RNAs using an endoribonuclease activity termed 'slicing'. ...Argonaute (AGO) proteins use small RNAs to recognize transcripts targeted for silencing in plants and animals. Many AGOs cleave target RNAs using an endoribonuclease activity termed 'slicing'. Slicing by DNA-guided prokaryotic AGOs has been studied in detail, but structural insights into RNA-guided slicing by eukaryotic AGOs are lacking. Here we present cryogenic electron microscopy structures of the Arabidopsis thaliana Argonaute10 (AtAgo10)-guide RNA complex with and without a target RNA representing a slicing substrate. The AtAgo10-guide-target complex adopts slicing-competent and slicing-incompetent conformations that are unlike known prokaryotic AGO structures. AtAgo10 slicing activity is licensed by docking target (t) nucleotides t9-t13 into a surface channel containing the AGO endoribonuclease active site. A β-hairpin in the L1 domain secures the t9-t13 segment and coordinates t9-t13 docking with extended guide-target pairing. Results show that prokaryotic and eukaryotic AGOs use distinct mechanisms for achieving target slicing and provide insights into small interfering RNA potency. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 110981.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AGO10, PNH, ZLL, At5g43810, MQD19.17 / Variant: D795A 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9XGW1 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 6788.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: AtAgo10-guide RNA complex / タイプ: COMPLEX 詳細: The complex of Arabidopsis Argonaute10 with a synthetic guide RNA Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 73000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 66.51 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2656 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 55 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 736209 | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53766 / 対称性のタイプ: POINT |