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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sv0 | |||||||||
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タイトル | NADPH-dependent cytochrome P450 reductase 2b from Sorghum bicolor (SbCPR2b) -oxidized form of NADP+ complex | |||||||||
![]() | NADPH--cytochrome P450 reductase | |||||||||
![]() | ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhang, B. / Kang, C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Functional and structural insight into the flexibility of cytochrome P450 reductases from Sorghum bicolor and its implications for lignin composition. 著者: Zhang, B. / Munske, G.R. / Timokhin, V.I. / Ralph, J. / Davydov, D.R. / Vermerris, W. / Sattler, S.E. / Kang, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7suxC ![]() 7suzC ![]() 5gxuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77553.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: C5YJG8, ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-FAD / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.28 % |
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結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium thiocyanate, pH 6.9, 20% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月26日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.7→44.83 Å / Num. obs: 14106 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 71.32 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 10.18 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.797 Å / Rmerge(I) obs: 1.537 / Num. unique obs: 1372 / CC1/2: 0.994 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB entry 5GXU 解像度: 2.7→44.83 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 171.02 Å2 / Biso mean: 86.4804 Å2 / Biso min: 39.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→44.83 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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