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- PDB-7sua: Crystal Structure of the Hypothetical Protein (ACX60_00475) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sua
タイトルCrystal Structure of the Hypothetical Protein (ACX60_00475) from Acinetobacter baumannii
要素DUF4175 domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性membrane / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DUF4175 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Hypothetical Protein (ACX60_00475) from Acinetobacter baumannii
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2021年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_SG_project / struct_keywords
Item: _audit_author.name / _pdbx_SG_project.full_name_of_center ..._audit_author.name / _pdbx_SG_project.full_name_of_center / _pdbx_SG_project.initial_of_center / _struct_keywords.text
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF4175 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0133
ポリマ－31,8451
非ポリマー1682
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.755, 59.784, 75.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DUF4175 domain-containing protein


分子量: 31845.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: C2U32_13765, C5H40_02315, CPI82_04650, CTZ19_00475, D8O08_001740, DLI71_12185, DLI72_04775, E1A87_06460, E2535_11650, E2539_19140, EA706_08735, EA720_011135, EA722_13985, EKS29_19110, ...遺伝子: C2U32_13765, C5H40_02315, CPI82_04650, CTZ19_00475, D8O08_001740, DLI71_12185, DLI72_04775, E1A87_06460, E2535_11650, E2539_19140, EA706_08735, EA720_011135, EA722_13985, EKS29_19110, EP550_00510, EP560_17500, F2P40_11735, F4T85_08810, F4T91_09080, FE003_00465, FJU36_16290, FJU42_18320, FR761_00435, GSE42_19580, H0529_16845, HBK86_17525, IMO23_17555
プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: A0A237U7Y1
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.72 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 8.8 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: Classics II (D10), 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 20% (w/v) PEG5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月22日 / 詳細: Be
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 27958 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.069 / Χ2: 1.572 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1354 / CC1/2: 0.71 / CC star: 0.911 / Rpim(I) all: 0.379 / Rrim(I) all: 0.787 / Rsym value: 0.687 / Χ2: 1 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→27.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.616 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2079 1376 4.9 %RANDOM
Rwork0.1759 ---
obs0.1775 26532 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.08 Å2 / Biso mean: 25.796 Å2 / Biso min: 13.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å2-0 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→27.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1539 0 11 251 1801
Biso mean--48.97 36.06 -
残基数----195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0131717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.6432341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3421.5773824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.0655229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.81423.88990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.96515295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.337158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0540.022013
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0490.02395
LS精密化 シェル解像度: 1.655→1.697 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 87 -
Rwork0.265 1833 -
all-1920 -
obs--94.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5484-0.3067-0.4971.84281.11711.8682-0.078-0.0774-0.01980.03110.02060.0235-0.02930.08940.05740.01880.00740.01260.01860.01540.02057.315711.42259.4423
21.5496-0.3554-0.13181.9626-0.61822.3215-0.0390.0275-0.1650.00940.00760.03860.05550.10140.03140.00380.0060.00850.02570.00750.02866.52126.6076.8156
31.0074-0.47981.37081.0291-0.64674.1458-0.0566-0.0432-0.03240.07110.02420.11260.008-0.16930.03240.01090.00360.0160.01940.01240.0321-2.053110.71147.9612
41.87710.1638-0.40892.6407-0.12978.49110.00260.1197-0.0984-0.18440.10380.27840.6728-0.0013-0.10640.0664-0.0067-0.02920.02570.00450.0472-4.62892.08871.0287
54.9347-3.61972.44094.5413-2.51132.70970.1010.1353-0.5211-0.20070.09280.2910.2962-0.1105-0.19380.0607-0.0419-0.03580.04440.00350.1308-6.7586-2.27562.5528
67.93922.87782.50848.12293.46112.88570.066-0.2702-0.4140.36220.0017-0.51610.24470.1133-0.06760.02630.02230.00130.07440.07490.109713.4083-3.381513.1137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A220 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2A275 - 316
3X-RAY DIFFRACTION3A317 - 348
4X-RAY DIFFRACTION4A349 - 369
5X-RAY DIFFRACTION5A370 - 400
6X-RAY DIFFRACTION6A401 - 414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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