[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7su7: Dihydroneopterin aldolase (DHNA) from Yersinia pestis co-crystall... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7su7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Dihydroneopterin aldolase (DHNA) from Yersinia pestis co-crystallized with product | ||||||
Components | 7,8-dihydroneopterin aldolase | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / FOLB FOLATE PATHWAY | ||||||
Function / homology | Function and homology information dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / phosphorylation / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Yersinia pestis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.09 Å | ||||||
Authors | Bourne, C.R. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Dihydroneopterin aldolase (DHNA) from Yersinia pestis co-crystallized with product Authors: Bourne, C.R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7su7.cif.gz | 118.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7su7.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7su7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7su7_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7su7_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 7su7_validation.xml.gz | 24.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7su7_validation.cif.gz | 33.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/7su7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/7su7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ojoS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 16149.166 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis (bacteria) / Gene: y3531 / Plasmid: pMSCG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BS21(DE3) / References: UniProt: Q8CZR7, dihydroneopterin aldolase #2: Chemical | ChemComp-TRS / #3: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #4: Chemical | ChemComp-PH2 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.13 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.05 - 0.1M BisTris, 0.1-0.2 M CaCl2, 0 - 0.1M NaCl, 43 - 49% MPD PH range: 6.2 - 6.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 200K / Detector: PIXEL / Date: Sep 13, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 41395 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 4.1 % Details: Only reflections up to 2.09 A were used for refinement. The Rmerge using a 2.09 A high resolution cutoff is 0.213 Rmerge(I) obs: 0.268 / Rpim(I) all: 0.148 / Rrim(I) all: 0.307 / Χ2: 2.317 / Net I/σ(I): 3.1 / Num. measured all: 171031 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6ojo Resolution: 2.09→41.4 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.73 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.93 Å2 / Biso mean: 28.3816 Å2 / Biso min: 8.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.09→41.4 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
|