PDB-7ssq: Crystal Structure of Ebola zaire Envelope glycoprotein GP in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ssq

タイトル

Crystal Structure of Ebola zaire Envelope glycoprotein GP in complex with compound ARN0075231

要素

GP1
GP2

キーワード

VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / SSGCID / Envelope glycoprotein / Zaire ebolavirus / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Ebola zaire Envelope glycoprotein GP in complex with compound ARN0075231
著者: Abendroth, J. / Fox III, D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ssq.cif.gz	207 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ssq.ent.gz	134.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ssq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ssq_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ssq_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7ssq_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	7ssq_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/7ssq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/7ssq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6f5uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EbzaA.19907.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GP1

B: GP2

ヘテロ分子

57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GP1

B: GP2

ヘテロ分子

A: GP1

B: GP2

ヘテロ分子

A: GP1

B: GP2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
173 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.940, 113.940, 308.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	GP1 / Envelope glycoprotein GP1 分子量: 36132.508 Da / 分子数: 1 断片: EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11 変異: T42A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / プラスミド: EbzaA.19907.a.HE11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK-293 / 参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質	GP2 / Envelope glycoprotein GP2 分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 断片: EbzaA.19907.a.HE11 proteolyzed C-terminal domain / 変異: H613A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / プラスミド: EbzaA.19907.a.HE11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK-293 / 参照: UniProt: Q05320

#1: タンパク質

GP1 / Envelope glycoprotein GP1

分子量: 36132.508 Da / 分子数: 1
断片: EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11
変異: T42A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / プラスミド: EbzaA.19907.a.HE11 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK-293 / 参照: UniProt: Q05320

#2: タンパク質

GP2 / Envelope glycoprotein GP2

分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 断片: EbzaA.19907.a.HE11 proteolyzed C-terminal domain / 変異: H613A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / プラスミド: EbzaA.19907.a.HE11 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK-293 / 参照: UniProt: Q05320

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糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1114.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 194分子

#5: 化合物	ChemComp-ZQH / [(4R)-4-amino-3,3-dimethylpiperidin-1-yl][(1S,3R,5R,6Z,7S)-3-phenyl-6-(2-phenylethylidene)adamantan-1-yl]methanone 分子量: 468.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₀N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y
配列の詳細	Residues in the C-terminal portion of chain A were difficult to identify, and so were modeled as ...Residues in the C-terminal portion of chain A were difficult to identify, and so were modeled as UNK. The actual sequence for chain A is: ETGRSIPLGVIHNSALQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYTSGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFTVVSTHHQDTGEESASSGKLGLITNTIAGVAGLITGGRRTRR. This is consistent with PDB entry 5JQ3 and subsequent depositions.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.4 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: Optimization condition around ProPlex screen, condition E1: 100mM sodium acetate / hydrochloride pH 4.8, 7.49% (w/V) PEG 8000, 100mM magnesium chloride: EbzaA.19907.a.HE11.PD38458 at 14. ...詳細: Optimization condition around ProPlex screen, condition E1: 100mM sodium acetate / hydrochloride pH 4.8, 7.49% (w/V) PEG 8000, 100mM magnesium chloride: EbzaA.19907.a.HE11.PD38458 at 14.4mg/ml + 1mM BSI111592 / ARN00075231: tray 322840 h3: cryo: 25% EG + 1mM compound: puck sni3-8

結晶

マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.4 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: Optimization condition around ProPlex screen, condition E1: 100mM sodium acetate / hydrochloride pH 4.8, 7.49% (w/V) PEG 8000, 100mM magnesium chloride: EbzaA.19907.a.HE11.PD38458 at 14. ...

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データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月8日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 36679 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.94 % / B_iso Wilson estimate: 56.829 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.946 / Net I/σ(I): 17.81

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.25-2.31	3.208	0.606	1.66	2478	0.73	0.71	91.8
2.31-2.37	3.62	0.49	2.28	2574	0.796	0.567	97.4
2.37-2.44	4.478	0.426	3.23	2536	0.889	0.482	99.4
2.44-2.52	5.215	0.373	4.25	2495	0.923	0.415	100
2.52-2.6	5.333	0.271	5.95	2443	0.962	0.3	99.9
2.6-2.69	5.364	0.205	7.9	2304	0.978	0.227	99.9
2.69-2.79	5.339	0.156	9.97	2274	0.986	0.173	100
2.79-2.9	5.328	0.112	13.46	2178	0.992	0.124	100
2.9-3.03	5.326	0.088	16.7	2081	0.994	0.097	100
3.03-3.18	5.319	0.069	20.85	2018	0.996	0.077	100
3.18-3.35	5.305	0.058	24.31	1912	0.997	0.065	99.9
3.35-3.56	5.239	0.048	29.16	1812	0.998	0.053	99.9
3.56-3.8	5.22	0.041	33.12	1717	0.998	0.045	99.9
3.8-4.11	5.212	0.038	35.84	1578	0.998	0.042	99.9
4.11-4.5	5.153	0.034	38.97	1481	0.998	0.038	99.9
4.5-5.03	5.172	0.034	40.12	1323	0.998	0.038	100
5.03-5.81	5.131	0.033	38.91	1198	0.999	0.037	100
5.81-7.12	5.087	0.031	39.72	1019	0.999	0.034	99.9
7.12-10.06	4.919	0.03	41.84	803	0.999	0.033	99.6
10.06-50	4.51	0.029	41.42	455	0.998	0.033	94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20rc1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 6f5u

6f5u

解像度: 2.25→31.92 Å / SU ML: 0.2335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.8238
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2033	2075	5.66 %	0
R_work	0.1796	34588	-	-
obs	0.181	36663	99.07 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→31.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2752	0	203	190	3145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0087	3075
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9071	4204
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0537	493
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	529
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5627	1092

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.3	0.3226	126	0.2641	2089	X-RAY DIFFRACTION	91.26
2.3-2.36	0.2616	135	0.2499	2233	X-RAY DIFFRACTION	97.17
2.36-2.42	0.2667	153	0.2326	2253	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.42-2.49	0.2508	141	0.2231	2313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.58	0.218	129	0.1936	2285	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.58-2.67	0.189	128	0.1721	2326	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.67-2.77	0.1973	139	0.1799	2317	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.77-2.9	0.2287	115	0.185	2328	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.9-3.05	0.2324	140	0.1966	2293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.24	0.2205	139	0.1937	2329	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.24-3.49	0.2275	159	0.1865	2315	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.49-3.85	0.1817	140	0.1604	2320	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.85-4.4	0.168	152	0.1453	2354	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.4-5.54	0.1753	142	0.1562	2367	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.54-31.92	0.2076	137	0.1992	2466	X-RAY DIFFRACTION	99.24

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.20601157819	0.69944769292	2.41581787497	7.51663674663	-1.23685560566	6.17943085867	0.149567917172	-0.681770587625	-0.352434270131	1.22751470937	-0.031049449643	-0.0820733705874	0.777261581179	-0.567745102099	-0.088795333592	0.570364869894	-0.00946776733368	0.116371393738	0.429262596036	0.0252030460887	0.383435951899	-57.1595556728	15.208015114	3.58348656257
2	1.71778814196	-0.465914248649	-0.330099696138	2.39789332886	0.51426463444	3.3178200796	-0.0512098926813	0.304048775674	-0.202567009725	-0.296062429382	-0.0350508314573	0.0341617819312	0.359081420089	-0.0397657415733	0.0870896735543	0.42889524994	-0.0281294360767	0.0398947305276	0.323986009058	-0.0340212184051	0.365259862331	-55.4471150034	12.4258587226	-26.9274144477
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4	2.68654748513	3.77451215646	1.61679821247	7.13466076915	-0.428188554078	5.01503062265	0.173393796414	-0.0607068049313	-0.0876359673206	0.70247464531	-0.0356199750236	0.412815262082	0.765645359417	-0.201427817915	-0.172022180162	0.549835728738	0.0369225638552	0.111508682849	0.358625587535	0.00220080981147	0.470221452448	-50.9218096551	4.83131658891	-10.362698995
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7	7.19302413518	-1.50955248022	-0.340421616706	6.24227885582	2.05763527693	7.00525511121	-0.0806769259054	-0.965770286265	-0.342509954416	1.1070242895	-0.0395961822307	0.694855188841	0.711867964426	-1.03874163925	0.108052762481	0.531733431823	-0.0334833636242	0.0454500244016	0.474423968442	0.0495326643819	0.415800741662	-60.32690446	27.1461164559	8.13815638309
8	0.806857425051	-0.947710443547	1.76419343584	6.22560857303	-0.783651539637	4.19774024551	0.791957492249	-2.34464618384	0.468868923667	0.597086407815	-0.447030183538	-0.714100458647	-1.06740040133	0.181333910147	-0.181348846378	1.80400409048	-0.170733941325	-0.149645502778	2.59553710894	-0.189366268956	1.07749469893	-50.2847824117	30.276266956	34.0943008661

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 32 through 59 )	A	A	32 - 59	1 - 28
2	2	chain 'A' and (resid 60 through 176 )	A	A	60 - 176	29 - 145
3	3	chain 'A' and (resid 177 through 292 )	A	A	177 - 292	146 - 231
4	4	chain 'B' and (resid 502 through 520 )	B	B	502 - 520	1 - 19
5	5	chain 'B' and (resid 521 through 530 )	B	B	521 - 530	20 - 29
6	6	chain 'B' and (resid 531 through 583 )	B	B	531 - 583	30 - 82
7	7	chain 'B' and (resid 584 through 612 )	B	B	584 - 612	83 - 111
8	8	chain 'B' and (resid 613 through 628 )	B	B	613 - 628	112 - 127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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