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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ss6 | ||||||
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タイトル | Structure of Klebsiella LpxH in complex with JH-LPH-45 | ||||||
要素 | UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/ANTIBIOTIC / LpxH / lipid A / antibiotic / Gram-negative bacteria / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase activity / lipid A biosynthetic process / extrinsic component of plasma membrane / manganese ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Cho, J. / Cochrane, C.S. / Zhou, P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023 タイトル: Development of LpxH Inhibitors Chelating the Active Site Dimanganese Metal Cluster of LpxH. 著者: Kwak, S.H. / Skyler Cochrane, C. / Cho, J. / Dome, P.A. / Ennis, A.F. / Kim, J.H. / Zhou, P. / Hong, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ss6.cif.gz | 144.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ss6.ent.gz | 92.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ss6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ss6_validation.pdf.gz | 721 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ss6_full_validation.pdf.gz | 723.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ss6_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ss6_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/7ss6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/7ss6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ss7C 6pj3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29627.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: lpxH_1, lpxH, C3483_19950, NCTC9128_00880, SAMEA104305404_03891 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1S0WIC1, UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BKB / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 4 mg/mL protein, 0.27 mM JH-LPH-45, 10 mM MES (pH 6.0), 100 mM NaCl, 0.5 mM DTT, 2.5% glycerol, 0.625% DMSO, 0.025 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.025 M sodium acetate pH 5.4, 12% v/v PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→46.28 Å / Num. obs: 35718 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 25.93 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 24.31 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.8 Å / Num. unique obs: 3542 / CC1/2: 0.934 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6PJ3 解像度: 1.74→46.28 Å / SU ML: 0.1486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.5452 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→46.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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