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- PDB-7sr6: Human Endogenous Retrovirus (HERV-K) reverse transcriptase ternar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sr6
タイトルHuman Endogenous Retrovirus (HERV-K) reverse transcriptase ternary complex with dsDNA template Primer and dNTP
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*T)-3')
  • Polymerase
キーワードREPLICATION / reverse transcriptase RT dCTP dTTP dsDNA template primer
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA synthesis involved in DNA repair / DNA-templated DNA replication / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / RNase H / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily ...Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / RNase H / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / : / Chem-PG6 / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Baldwin, E.T. / Nichols, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Human endogenous retrovirus-K (HERV-K) reverse transcriptase (RT) structure and biochemistry reveals remarkable similarities to HIV-1 RT and opportunities for HERV-K-specific inhibition.
著者: Baldwin, E.T. / Gotte, M. / Tchesnokov, E.P. / Arnold, E. / Hagel, M. / Nichols, C. / Dossang, P. / Lamers, M. / Wan, P. / Steinbacher, S. / Romero, D.L.
履歴
登録2021年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase
B: Polymerase
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*T)-3')
F: Polymerase
G: Polymerase
H: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
I: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,82871
ポリマ－308,2948
非ポリマー5,53563
水5,116284
1
A: Polymerase
B: Polymerase
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,76134
ポリマ－154,1474
非ポリマー2,61430
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18040 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area49750 Å2
手法PISA
2
F: Polymerase
G: Polymerase
H: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*A)-3')
I: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,06837
ポリマ－154,1474
非ポリマー2,92133
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18360 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area49490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.697, 177.697, 117.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABFG

#1: タンパク質
Polymerase


分子量: 70136.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: V9H0F6

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 DHEI

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*A)-3')


分子量: 7510.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*T)-3')


分子量: 6362.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 9種, 347分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#6: 化合物...
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#10: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG400, 50 mM MES pH 6.0, 2 mM MgCl2 and 100 mM KCl)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.49993 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.49993 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.499
11-h,-k,l20.501
反射解像度: 2.62→88.9 Å / Num. obs: 114382 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.62→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5724 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.35 / % possible all: 49.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.62→88.848 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 9.303 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2184 5628 4.92 %RANDOM
Rwork0.1679 108753 --
all0.17 ---
obs-114381 91.771 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.451 Å20 Å20 Å2
2--3.451 Å20 Å2
3----6.902 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→88.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15773 1770 343 284 18170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01318617
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0320.01517056
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.0070.0125452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6261.65725579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.1921.5739437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4055.4842460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.27723.441741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.146152760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg28.154152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5521570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2072686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0221694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.023885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.24241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2390.216538
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.28680
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.28206
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1360.222
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2670.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3580.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1270.23
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0480.21
X-RAY DIFFRACTIONr_paralell_plane_angle_deg6.0490.6104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.926.9898033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.9196.9898032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.64910.49510052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.64910.49510053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.2977.3810584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.2977.3810584
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.00411.03115523
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.00411.0315524
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it14.394167.2646092
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other14.395167.29246076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.6880.2922210.2064024X-RAY DIFFRACTION45.9565
2.688-2.7620.3362140.2095938X-RAY DIFFRACTION68.6991
2.762-2.8420.273960.1896635X-RAY DIFFRACTION80.2717
2.842-2.9290.274270.1797324X-RAY DIFFRACTION91.8256
2.929-3.0250.2413980.1817860X-RAY DIFFRACTION99.9516
3.025-3.1310.2543700.1877606X-RAY DIFFRACTION100
3.131-3.2490.253600.1867271X-RAY DIFFRACTION100
3.249-3.3820.2694180.1876988X-RAY DIFFRACTION100
3.382-3.5320.2163020.1956782X-RAY DIFFRACTION99.9859
3.532-3.7040.2543200.1886451X-RAY DIFFRACTION100
3.704-3.9040.2243260.1786099X-RAY DIFFRACTION99.9689
3.904-4.140.2153300.1675768X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.4250.192960.155415X-RAY DIFFRACTION100
4.425-4.7790.1952760.1415066X-RAY DIFFRACTION100
4.779-5.2340.1922130.1434687X-RAY DIFFRACTION100
5.234-5.8490.1812450.1594182X-RAY DIFFRACTION100
5.849-6.750.231860.173717X-RAY DIFFRACTION100
6.75-8.2560.1991360.1493178X-RAY DIFFRACTION100
8.256-11.630.1641340.1262440X-RAY DIFFRACTION99.9612

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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