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- PDB-7sqw: Structure of the KcsA-W67F mutant with the activation gate in the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sqw
タイトルStructure of the KcsA-W67F mutant with the activation gate in the closed conformation
要素
  • (Antibody Fragment) x 2
  • KcsA potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / channel / Fab complex / C-type inactivation
機能・相同性Chem-1EM / NONAN-1-OL / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Streptomyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Cuello, L.G. / Labro, A.J.
資金援助 米国, ベルギー, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM097159 米国
Other governmentBOF Ghent University ベルギー
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: The nonconducting W434F mutant adopts upon membrane depolarization an inactivated-like state that differs from wild-type Shaker-IR potassium channels.
著者: Coonen, L. / Martinez-Morales, E. / Van De Sande, D.V. / Snyders, D.J. / Cortes, D.M. / Cuello, L.G. / Labro, A.J.
履歴
登録2021年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody Fragment
B: Antibody Fragment
C: KcsA potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,56910
ポリマ－57,7873
非ポリマー7827
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.962, 153.962, 75.804
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-202-

K

21C-203-

K

31C-204-

K

41C-205-

K

51C-206-

K

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 KcsA potassium channel


分子量: 10939.700 Da / 分子数: 1 / Mutation: W67F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces (バクテリア) / 発現宿主: Streptomyces (バクテリア)

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Antibody Fragment


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Antibody Fragment


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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非ポリマー , 3種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-F09 / NONAN-1-OL / 1-ノナノ-ル


分子量: 144.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O
#5: 化合物 ChemComp-1EM / (1S)-2-HYDROXY-1-[(NONANOYLOXY)METHYL]ETHYL MYRISTATE


分子量: 442.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H50O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.36 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG400 , 50 mM magnesium acetate, 50 mM sodium acetate, 300 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→48.69 Å / Num. obs: 14014 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 81.33 Å2 / CC1/2: 0.75 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 3.21→48.69 Å / Num. unique obs: 14012 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K4C

1k4c


解像度: 3.21→48.69 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2726 1401 10 %
Rwork0.2315 12613 -
obs0.2357 14014 95.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.2 Å2 / Biso mean: 89.551 Å2 / Biso min: 34.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.21→48.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4010 0 46 0 4056
Biso mean--72.59 --
残基数----534
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.21-3.320.33381020.2927947104972
3.32-3.460.31340.2551201133592
3.46-3.610.3321430.25231262140596
3.62-3.810.34291380.24111284142299
3.81-4.040.28341480.251313141462100
4.04-4.350.281480.217313171465100
4.36-4.790.20961430.213913191462100
4.79-5.480.27071500.228913221472100
5.49-6.910.30271440.242413191463100
6.91-48.690.23981510.2131328147997
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.6765 Å / Origin y: -19.5068 Å / Origin z: -27.4419 Å
111213212223313233
T0.3925 Å2-0.3197 Å2-0.0845 Å2-0.529 Å20.0002 Å2--0.4123 Å2
L0.312 °20.0278 °2-0.1548 °2-0.3131 °20.1143 °2--0.365 °2
S-0.0587 Å °0.0175 Å °-0.1051 Å °0.0144 Å °0.0434 Å °0.149 Å °0.5199 Å °-0.3258 Å °0.0035 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 219
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 212
3X-RAY DIFFRACTION1allC22 - 124
4X-RAY DIFFRACTION1allC201 - 301
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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