PDB-7spr: Crystal structure of SMG1 mutant (G28C/P206C/Q34P/A37P/M176V/G177...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7spr

タイトル

Crystal structure of SMG1 mutant (G28C/P206C/Q34P/A37P/M176V/G177A/M294R/F278N)

要素

LIP1, secretory lipase (Family 3)

キーワード

HYDROLASE / SMG1

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / lipid catabolic process / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Malassezia globosa (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Li, L.L. / Wang, Y.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lipase SMG1 thermostability optimizing through protein design approach
著者: Li, L.L. / Wang, Y.H.

履歴

登録	2021年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7spr.cif.gz	154.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7spr.ent.gz	99.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7spr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/7spr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/7spr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uueS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LIP1, secretory lipase (Family 3)

ヘテロ分子

31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.053, 48.996, 110.804
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

LIP1, secretory lipase (Family 3)

分子量: 30896.699 Da / 分子数: 1 / 変異: G28C,Q34P,A37P,M176V,G177A,P206C,F278N,M294R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Malassezia globosa (strain ATCC MYA-4612 / CBS 7966) (菌類)
株: ATCC MYA-4612 / CBS 7966 / 遺伝子: MGL_0797 / 発現宿主:

Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: A8PUY1

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 150 mM potassium bromide, 30% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 37769 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 17.82 Å² / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.79→1.84 Å / Num. unique obs: 1731 / CC_1/2: 0.963

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX		位相決定
HKL-3000		データスケーリング
autoPROC		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UUE

3uue

解像度: 1.79→25.14 Å / SU ML: 0.1522 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.9952
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183	1897	5.02 %
R_work	0.1569	35872	-
obs	0.1582	37769	79.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→25.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2166	0	28	225	2419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	2265
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9268	3080
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0601	333
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	404
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.3406	320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.84	0.2614	89	0.2111	1642	X-RAY DIFFRACTION	51.06
1.84-1.89	0.2292	94	0.1936	1840	X-RAY DIFFRACTION	57.24
1.89-1.94	0.2034	103	0.178	1904	X-RAY DIFFRACTION	59.34
1.94-2.01	0.2143	97	0.1787	1972	X-RAY DIFFRACTION	61.32
2.01-2.08	0.22	116	0.1744	2030	X-RAY DIFFRACTION	63.85
2.08-2.16	0.2104	116	0.1651	2319	X-RAY DIFFRACTION	71.83
2.16-2.26	0.1495	141	0.1458	2581	X-RAY DIFFRACTION	81.06
2.26-2.38	0.1925	157	0.1585	2932	X-RAY DIFFRACTION	90.88
2.38-2.53	0.222	160	0.1575	3019	X-RAY DIFFRACTION	94.42
2.53-2.72	0.1686	184	0.1542	3172	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.72-3	0.1636	170	0.1597	3179	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3-3.43	0.2032	165	0.1585	3102	X-RAY DIFFRACTION	96.51
3.43-4.32	0.1478	153	0.1382	3098	X-RAY DIFFRACTION	96.3
4.32-25.14	0.1804	152	0.1559	3082	X-RAY DIFFRACTION	96.14

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.84366044156	-0.0745974615281	-0.0289142745478	1.99126923812	-0.672792485727	1.30520957405	0.0508461700454	-0.160656378969	0.205162908193	0.0967028504442	-0.0682129475083	-0.102906180065	-0.114290101013	-0.0182034718217	0.0226509398205	0.164831310627	-0.0163661937001	-0.00544254052368	0.0929446903201	-0.0158089782104	0.103070559383	23.7775589636	1.90127126634	-16.1064741949
2	5.16971132316	0.589876306633	0.127182423416	5.6289601285	0.190756474642	5.26445018868	-0.0572009227625	-0.698179334872	0.480605587144	0.646634680817	0.407077364055	0.645003980573	-0.0719466169471	-0.775235903806	-0.2362066955	0.252089290288	0.0791528101933	0.0680752129984	0.342739513664	0.0230027512952	0.290288897148	3.20355952592	4.07299111908	-12.4902281508
3	3.85120738002	-0.049804539131	-0.525246329432	3.48699219238	-1.01287921102	1.68355813263	0.00156116637516	-0.362308719341	-0.401257284664	0.346969066951	-0.00640830632824	0.298821494653	0.0189538309011	-0.140441461829	-0.0470544882963	0.135024678157	-0.0165880351589	0.0114035446637	0.163908794102	0.0456253797237	0.0903117072558	9.97660877199	-11.3579276502	-16.9248329917
4	3.6608813771	-0.00228285311217	-0.50666730102	1.62824857279	-0.343038311341	1.36234790778	0.0440624423554	-0.566793919782	0.0876715540468	0.238478510262	-0.0275730293863	-0.0724398036393	-0.11293004645	0.0813590553686	-0.0101430143235	0.138904107462	-0.00734856923211	-0.00276351386277	0.130689830543	0.0164687496524	0.066028819444	22.4860075823	-3.76807610942	-13.3907722718

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 28 through 56 )	28 - 56	1 - 29
2	2	chain 'A' and (resid 57 through 89 )	57 - 89	30 - 62
3	3	chain 'A' and (resid 90 through 164 )	90 - 164	63 - 137
4	4	chain 'A' and (resid 165 through 304 )	165 - 304	138 - 277

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)