PDB-7spn: Crystal structure of IS11, a thermophilic esterase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7spn

タイトル

Crystal structure of IS11, a thermophilic esterase

要素

IS11

キーワード

HYDROLASE / esterase / thermophilic / alpha/beta protein

機能・相同性

: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / hydrolase activity / Class A beta-lactamase-related serine hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Dehalococcoidia bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Khusnutdinova, A. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of IS11, a thermophilic esterase
著者: Yakunin, A.F.

履歴

登録	2021年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7spn.cif.gz	401.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7spn.ent.gz	293.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7spn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7spn_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7spn_full_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示
XML形式データ	7spn_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	7spn_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/7spn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/7spn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: IS11

B: IS11

99 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.216, 103.359, 94.857
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.481, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	IS11 分子量: 49477.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dehalococcoidia bacterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7C2VFT1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1 M citric acid pH 3.5, 19% PEG3350, Cryoprotectant paratone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.92→50 Å / Num. obs: 20309 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 64.1 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 11.95
反射シェル	解像度: 2.92→2.97 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1004 / CC_1/2: 0.572 / R_pim(I) all: 0.528 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2-generated model

解像度: 2.92→45.09 Å / SU ML: 0.3308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.9434
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2576	1834	9.79 %	RANDOM
R_work	0.1969	16905	-	-
obs	0.2029	18739	89.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.92→45.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6990	0	0	23	7013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	7180
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5344	9791
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0402	1070
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	1291
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.8369	2585

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.92-2.98	0.3771	104	0.2968	983	X-RAY DIFFRACTION	67.47
2.98-3.07	0.3784	134	0.3052	1148	X-RAY DIFFRACTION	80.83
3.07-3.17	0.3076	124	0.2898	1209	X-RAY DIFFRACTION	82.28
3.17-3.28	0.348	132	0.2716	1242	X-RAY DIFFRACTION	87.02
3.28-3.42	0.3367	136	0.2447	1281	X-RAY DIFFRACTION	88.67
3.42-3.57	0.3186	141	0.2437	1323	X-RAY DIFFRACTION	90.37
3.57-3.76	0.2951	142	0.2215	1327	X-RAY DIFFRACTION	93.87
3.76-4	0.2836	147	0.1942	1349	X-RAY DIFFRACTION	92.46
4-4.3	0.2236	151	0.1726	1345	X-RAY DIFFRACTION	93.38
4.3-4.74	0.2128	154	0.1595	1414	X-RAY DIFFRACTION	97.57
4.74-5.42	0.2259	153	0.1692	1414	X-RAY DIFFRACTION	97.75
5.42-6.82	0.2515	157	0.1943	1412	X-RAY DIFFRACTION	96.79
6.83-45.09	0.207	159	0.1579	1458	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.84194041172	4.16034152802	3.2502428235	4.55578158568	3.28823491679	4.1756708659	0.109464422582	0.338944596433	0.750275196846	0.546182658344	-0.202959351238	0.160249562395	-0.304782261372	0.205666515462	0.203195602319	0.813838140796	0.00451688966224	0.0290589637197	0.311413429995	-0.0136428071209	0.475797162578	-0.400763289109	18.1813182322	16.463093679
2	1.28593138882	-0.839272493483	-0.323711030231	1.04671952303	-0.168081001431	1.6366444901	0.0018655361889	-0.0538012896512	-0.20839273514	0.228865185229	0.0445628333426	0.0773505201206	0.219640642968	0.0448498418486	-0.0401145426835	0.484448733852	-0.0443545936853	0.00589620797546	0.273636024237	-0.00706093871714	0.429904234004	6.96139170776	-7.58287133507	8.98008262103
3	0.0731395084002	-0.189254843779	0.158971464631	0.124055293218	0.0894619470098	1.71927165809	-0.14723846575	0.049709254484	0.120032848412	-0.0409454621732	-0.0462991057842	0.255273340143	-0.275933376586	-0.05190894303	0.234540882271	0.675971175351	-0.017797026459	0.040550944996	0.383631415481	0.00985684602049	0.623916512763	5.93011693247	10.2471243458	-0.520509629448
4	5.32786461917	-0.350032353038	-2.64235579501	1.19384140971	1.53760171927	4.02387370089	-0.00851048223493	-0.0441793399426	-0.0526888135637	-0.210627468033	-0.0134824453443	0.00590576353043	0.321722041174	-0.472378203211	0.0441302355442	0.55378448281	-0.0140605566102	-0.118894270755	0.429623360321	0.136620827171	0.426926337021	-4.69702262707	4.57726383541	-10.5534859344
5	8.27298769603	-0.471493559813	1.23545246007	6.34470696227	-1.31814691996	1.11175254594	0.437021544796	-0.0665274407066	0.658146438032	0.429139246411	0.369882077297	0.169197894424	-0.791047480428	0.0744791385353	-0.733866038463	1.07227863291	0.0640205438615	0.316135141641	0.613908751614	-0.021849857347	0.502694802644	-28.450777052	-1.17500691942	38.6901266614
6	1.2964952507	-1.45585770774	-0.287852745259	6.35544081576	-0.345160891962	0.606060820842	-0.0819825992375	0.0383454057282	-0.167435202257	0.154164348042	0.0295522351734	0.203561370382	-0.156653383821	-0.0573881866938	0.044623999436	0.546595400464	-0.0136498194678	0.0819711100526	0.32562487646	-0.0457182134455	0.369571062017	-13.9596140483	-28.0686606431	28.8512923894
7	4.14405355821	2.40937036778	-1.35231058239	6.08635335161	-1.72877046071	1.51867640269	0.0619793135711	-0.302492107919	0.0614041109824	0.298495921683	-0.00360483618393	0.350852884803	-0.073048633925	-0.239503664423	-0.0377519823184	0.580720146587	0.0273789198451	0.0647938834848	0.397244687042	0.0427675016898	0.374779346974	-23.037696342	-16.6004530864	35.4484373499
8	1.4064694826	-0.275835382811	0.250980925451	1.98906745223	-1.43601835937	0.93029141303	-0.0751570042777	-0.754263879682	-0.652751616193	0.27155012834	0.262406481269	-0.015605458776	-0.502110234977	0.3747431389	-0.169230400208	0.885876464421	-0.0774103726903	0.0836784672926	0.44654512045	-0.0770555406515	0.653513610703	-17.0778125877	-21.9037562858	60.0694577486
9	5.50338139618	-0.277073016596	-1.45094364538	8.67486669972	3.13167768786	2.08727932543	0.264967076699	0.0379204535384	0.14092052423	0.337691198446	-0.0495355759864	0.318015038183	-0.624735255446	0.0747873956877	-0.195575538352	0.669319205728	-0.0104790090455	-0.0371010306985	0.433496035752	0.0775386858727	0.355432687866	-9.79706295452	-21.6867012942	53.9783605237

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 48 )	A	A	0 - 48	1 - 49
2	2	chain 'A' and (resid 49 through 269 )	A	A	49 - 269	50 - 270
3	3	chain 'A' and (resid 270 through 373 )	A	A	270 - 373	271 - 374
4	4	chain 'A' and (resid 374 through 455 )	A	A	374 - 455	375 - 456
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 48 )	B	C	1 - 48	1 - 48
6	6	chain 'B' and (resid 49 through 200 )	B	C	49 - 200	49 - 200
7	7	chain 'B' and (resid 201 through 344 )	B	C	201 - 344	201 - 344
8	8	chain 'B' and (resid 345 through 373 )	B	C	345 - 373	345 - 373
9	9	chain 'B' and (resid 374 through 455 )	B	C	374 - 455	374 - 455

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新型コロナ情報

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