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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sp2 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of PLS A-domain (residues 391-656; 513-518 deletion mutant) from Staphylococcus aureus | ||||||||||||
要素 | Plasmin Sensitive Protein Pls | ||||||||||||
キーワード | CELL ADHESION / L-type lectin | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Clark, L. / Whelan, F. / Atkin, K.E. / Brentnall, A.S. / Dodson, E.J. / Turkenburg, J.P. / Potts, J.R. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Not Published タイトル: Structure of PLS A-domain (residues 391-65) from Staphylococcus aureus 著者: Clark, L. / Whelan, F. / Atkin, K.E. / Brentnall, A.S. / Dodson, E.J. / Turkenburg, J.P. / Potts, J.R. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sp2.cif.gz | 115.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sp2.ent.gz | 88.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sp2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sp2_validation.pdf.gz | 708.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sp2_full_validation.pdf.gz | 710.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7sp2_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sp2_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/7sp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/7sp2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7sjkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28604.240 Da / 分子数: 1 / 断片: A domain (UNP residues 391-656) / 変異: del(513-518) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: pls / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P80544 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% w/v PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→56.19 Å / Num. obs: 8201 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.4 % / Biso Wilson estimate: 74.57 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/av σ(I): 10.6 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 24.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 393 / CC1/2: 0.625 / Rpim(I) all: 0.614 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 7sjk 解像度: 2.75→56.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 31.93 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 151.14 Å2 / Biso mean: 80.187 Å2 / Biso min: 59.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.75→56.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.751→2.822 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -9.6755 Å / Origin y: -4.1316 Å / Origin z: 24.5892 Å
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