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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sog | ||||||
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タイトル | Thermostable actophorin | ||||||
要素 | Actophorin | ||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN / MUTAGENESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament fragmentation / actin filament severing / actin filament binding / actin cytoskeleton / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Lieberman, R.L. / Quirk, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022 タイトル: Structure and activity of a thermally stable mutant of Acanthamoeba actophorin. 著者: Quirk, S. / Lieberman, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sog.cif.gz | 142.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sog.ent.gz | 91.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sog.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sog_validation.pdf.gz | 440.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sog_full_validation.pdf.gz | 441.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7sog_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sog_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/7sog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/7sog | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7rtxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15183.150 Da / 分子数: 2 変異: S2P, H21K, Q22K, T27I, M30L, A32D, S33D, H41K, K53L, S54A, R59N, Q71E, T81V, T99A, T101S, S104A, V110D, A122D, S130K 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37167 #2: 化合物 | ChemComp-NI / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, NISO4, MES pH6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→36.58 Å / Num. obs: 24315 / % possible obs: 94.92 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05504 / Rrim(I) all: 0.0655 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.802 Å / Rmerge(I) obs: 0.6171 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 2410 / CC1/2: 0.769 / Rrim(I) all: 0.7272 / % possible all: 89.89 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7RTX 解像度: 1.74→36.58 Å / SU ML: 0.2074 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.696 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→36.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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