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- PDB-7so8: Crystal structure of Glutathione S-Transferase from Shrimp Litope... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7so8
タイトルCrystal structure of Glutathione S-Transferase from Shrimp Litopenaeus vannamei in complex with silver ions and a molecules of Glutathione binding in G-site and H-site
要素Glutathione transferase
キーワードTRANSFERASE / GST / GSH binding in G-site
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SILVER ION / GLUTATHIONE / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Penaeus vannamei (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Escudero-Garcia, A. / Rudino-Pinera, E. / Miranda-Blancas, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibition of GST class Mu of the shrimp Litopenaeus vannamei by binding silver ions in H-site.
著者: Escudero-Garcia, A. / Rudino-Pinera, E.
履歴
登録2021年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione transferase
C: Glutathione transferase
E: Glutathione transferase
G: Glutathione transferase
H: Glutathione transferase
F: Glutathione transferase
B: Glutathione transferase
D: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,05522
ポリマ－204,4208
非ポリマー3,63514
水20,9331162
1
A: Glutathione transferase
B: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0275
ポリマ－51,1052
非ポリマー9223
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione transferase
D: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0666
ポリマ－51,1052
非ポリマー9614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
3
E: Glutathione transferase
ヘテロ分子

F: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1356
ポリマ－51,1052
非ポリマー1,0304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
4
G: Glutathione transferase
H: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8275
ポリマ－51,1052
非ポリマー7233
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.390, 93.020, 169.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glutathione transferase


分子量: 25552.455 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penaeus vannamei (甲殻類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q49SB0, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM ammonium sulphate, 100 Bis-Tris pH 6.5, 30% PEG 3350, 300 uM silver nitrate
PH範囲: 6.5-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月12日 / 詳細: Sagitally focusing 2nd Crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→56.37 Å / Num. obs: 88718 / % possible obs: 98.15 % / 冗長度: 3.104 % / Biso Wilson estimate: 13.76 Å2 / CC1/2: 0.627 / Rmerge(I) obs: 0.6179 / Rpim(I) all: 0.4226 / Rrim(I) all: 0.7511 / Net I/av σ(I): 1.98 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.1 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.2-2.370.5792.1175300.660.3960.70497.6
2.37-2.610.3973.1176630.8140.2710.48398
2.61-2.990.2664.5176410.9140.1820.32498.2
2.99-3.760.1228.7178490.9830.0840.14998.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Jan 26,2018データ削減
XSCALEVERSION Jan 26, 2018データスケーリング
PHASER7.0.076位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AN1

5an1


解像度: 2.2→56.37 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 4472 5.04 %
Rwork0.1914 84236 -
obs0.1949 88708 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.29 Å2 / Biso mean: 16.3226 Å2 / Biso min: 1.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→56.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14400 0 219 1162 15781
Biso mean--41.67 18.6 -
残基数----1751
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.220.31111410.23752792293397
2.22-2.250.3221470.22922727287498
2.25-2.280.29481550.23362832298798
2.28-2.310.29971660.22872754292098
2.31-2.340.31311330.22612748288197
2.34-2.370.31251300.22352815294598
2.37-2.40.30551370.22222797293498
2.4-2.440.31241600.22392762292298
2.44-2.480.28761290.21162847297698
2.48-2.520.28791200.21432789290998
2.52-2.560.31521600.21292747290798
2.56-2.610.29591410.20732890303198
2.61-2.660.25851480.21212732288098
2.66-2.710.2911630.21132776293998
2.71-2.770.27691520.20652784293698
2.77-2.840.31591400.21352851299198
2.84-2.910.30081520.21462794294698
2.91-2.990.29311550.20622800295598
2.99-3.070.30481400.20922820296099
3.07-3.170.29841620.19652829299199
3.17-3.290.24921780.20742762294099
3.29-3.420.29521550.19032856301199
3.42-3.570.23071290.16972857298699
3.57-3.760.23261470.15962816296399
3.76-40.21681720.15362795296799
4-4.310.21131570.13742837299499
4.31-4.740.18221440.13442876302099
4.74-5.420.20211710.14712811298298
5.42-6.830.18961270.18172875300298
6.83-56.370.18581610.18512865302697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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