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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7so7
タイトルNovel structural insights for a pair of monoclonal antibodies recognizing non-overlapping epitopes of the glucosyltransferase domain of Clostridium difficile toxin B
要素
  • FAB B1 LC
  • Fab B1 HC
  • Toxin B
キーワードTOXIN/IMMUNE SYSTEM / antibody / toxin / TcdB / epitope / Clostridium difficile toxin / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. ...TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Liu, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Novel structural insights for a pair of monoclonal antibodies recognizing non-overlapping epitopes of the glucosyltransferase domain of Clostridium difficile toxin B.
著者: Liu, J. / Kothe, M. / Zhang, J. / Oloo, E. / Stegalkina, S. / Mundle, S.T. / Li, L. / Zhang, J. / Cole, L.E. / Barone, L. / Biemann, H.P. / Kleanthous, H. / Anosova, N.G. / Anderson, S.F.
履歴
登録2021年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin B
B: Toxin B
X: Fab B1 HC
Y: FAB B1 LC
H: Fab B1 HC
L: FAB B1 LC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,5386
ポリマ－217,5386
非ポリマー00
水00
1
A: Toxin B
H: Fab B1 HC
L: FAB B1 LC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7693
ポリマ－108,7693
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Toxin B
X: Fab B1 HC
Y: FAB B1 LC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7693
ポリマ－108,7693
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)210.540, 320.080, 65.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Toxin B


分子量: 62652.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: tcdB, toxB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P18177, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 抗体 Fab B1 HC


分子量: 22804.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 FAB B1 LC


分子量: 23312.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Na cacodylate, 0.2M CaCl2, 40% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.59→74.8 Å / Num. obs: 53178 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 91.16 Å2 / Rpim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.59→3.68 Å / Num. unique obs: 3907 / Rpim(I) all: 0.557 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D69

3d69


解像度: 3.59→74.8 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2583 1998 3.76 %
Rwork0.2094 51077 -
obs0.2113 53075 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 229.94 Å2 / Biso mean: 93.2865 Å2 / Biso min: 48.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.59→74.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15130 0 0 0 15130
残基数----1919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00415450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70220936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0269296
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.5901-3.67990.33941420.31433628100
3.6799-3.77940.35841390.29523535100
3.7794-3.89060.30031420.27023641100
3.8906-4.01610.37461390.27333545100
4.0161-4.15970.28251410.23483605100
4.1597-4.32620.25131420.20663609100
4.3262-4.52310.25031390.18893591100
4.5231-4.76150.23871430.18223640100
4.7615-5.05970.21561430.17843656100
5.0597-5.45030.2511420.18193642100
5.4503-5.99860.24751430.20593671100
5.9986-6.86610.27551440.2153666100
6.8661-8.64850.20111460.18593727100
8.6485-74.80.23241530.1805392199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -48.8271 Å / Origin y: 80.1 Å / Origin z: -24.0886 Å
111213212223313233
T0.6109 Å20.0534 Å2-0.0014 Å2-0.6277 Å20.0131 Å2--0.5751 Å2
L0.1912 °20.2789 °2-0.0535 °2-0.2524 °2-0.01 °2--0.2696 °2
S-0.0503 Å °0.0581 Å °-0.0082 Å °0.1111 Å °0.0837 Å °-0.0005 Å °-0.0215 Å °-0.0076 Å °-0.0329 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 535
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 538
3X-RAY DIFFRACTION1allX1 - 219
4X-RAY DIFFRACTION1allY1 - 218
5X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 219
6X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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