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- PDB-7snu: Crystal structure of ShHTL7 from Striga hermonthica in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7snu
タイトルCrystal structure of ShHTL7 from Striga hermonthica in complex with strigolactone antagonist RG6
要素Hyposensitive to light 7
キーワードHYDROLASE / Parasite / Strigolactone / Receptor / Antagonist
機能・相同性Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / ACETATE ION / Chem-HFJ / IMIDAZOLE / Hyposensitive to light 7
機能・相同性情報
生物種Striga hermonthica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Arellano-Saab, A. / Stogios, P.J. / Skarina, T. / Yim, V. / Savchenko, A. / McCourt, P.
資金援助6件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)06752
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)507992
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)00356
Other governmentNFRFE-2018-00118
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)04298
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: A novel strigolactone receptor antagonist provides insights into the structural inhibition, conditioning, and germination of the crop parasite Striga.
著者: Arellano-Saab, A. / McErlean, C.S.P. / Lumba, S. / Savchenko, A. / Stogios, P.J. / McCourt, P.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyposensitive to light 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,23911
ポリマ－30,2561
非ポリマー98310
水8,539474
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.216, 96.216, 69.358
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hyposensitive to light 7


分子量: 30255.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Striga hermonthica (植物) / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M3PNA2

-
非ポリマー , 6種, 484分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-HFJ / 2-{(2S)-1-[(4-ethoxyphenyl)methyl]-4-[(2E)-3-(4-methoxyphenyl)prop-2-en-1-yl]piperazin-2-yl}ethan-1-ol / RG6


分子量: 410.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H34N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 M sodium acetate, 0.1 M imidazole pH 7.0, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→30 Å / Num. obs: 62389 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 12.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 28.67
反射 シェル解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2550 / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.233 / % possible all: 80.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-30001.11データ削減
HKL-30001.11データスケーリング
PHENIX1.19.1_4122位相決定
PHENIX1.19.1_4122モデル構築
Coot0.9.3モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5CBK

5cbk


解像度: 1.46→28.68 Å / SU ML: 0.1155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.2135
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1615 1930 3.26 %
Rwork0.1275 57305 -
obs0.1286 59235 93.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→28.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2098 0 68 474 2640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00642277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01223100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0943348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9206327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.50.2318880.1632568X-RAY DIFFRACTION59.01
1.5-1.540.17681100.14883246X-RAY DIFFRACTION74.51
1.54-1.580.19831340.13733918X-RAY DIFFRACTION89.31
1.58-1.630.17061350.12774038X-RAY DIFFRACTION93.5
1.63-1.690.16271420.12514235X-RAY DIFFRACTION96.45
1.69-1.760.16811400.13014273X-RAY DIFFRACTION97.98
1.76-1.840.13761470.12124323X-RAY DIFFRACTION99.11
1.84-1.940.1581500.1274334X-RAY DIFFRACTION99.45
1.94-2.060.16651450.11924381X-RAY DIFFRACTION99.93
2.06-2.220.15791430.12394359X-RAY DIFFRACTION99.82
2.22-2.440.15231440.12474385X-RAY DIFFRACTION99.67
2.44-2.790.18681470.13694373X-RAY DIFFRACTION99.85
2.79-3.520.14511490.12984398X-RAY DIFFRACTION99.76
3.52-28.680.15741560.12234474X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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