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万見
- PDB-7snn: Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with capsid inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7snn
タイトルDisulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with capsid inhibitor N-(1-(3-(4-chloro-1-methyl-3-(methylsulfonamido)-1H-indazol-7-yl)-4-oxo-3,4-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl)-2-(3-(difluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl)acetamide
要素Capsid protein p24
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9WW / IODIDE ION / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Bester, S.M. / Kvaratskhelia, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI157802 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54-AI150472 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with capsid inhibitor N-(1-(3-(4-chloro-1-methyl-3-(methylsulfonamido)-1H-indazol-7-yl)-4-oxo-3,4-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)-2- ...タイトル: Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with capsid inhibitor N-(1-(3-(4-chloro-1-methyl-3-(methylsulfonamido)-1H-indazol-7-yl)-4-oxo-3,4-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl)-2-(3-(difluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl)acetamide
著者: Adu-Ampratwum, D. / Haney, R. / Bester, S.M. / Annamalai, A.S. / Wei, G. / Fuchs, J.R. / Kvaratskhelia, M.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,84512
ポリマ－25,4611
非ポリマー1,38411
水2,072115
1
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,07272
ポリマ－152,7686
非ポリマー8,30466
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area23660 Å2
ΔGint-581 kcal/mol
Surface area57110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.272, 92.272, 57.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / CA


分子量: 25461.271 Da / 分子数: 1 / 変異: A14C, E45C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-9WW / N-[(1S)-1-(3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-methyl-1H-indazol-7-yl}-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[(3aM)-3-(difluoromethyl)cyclopenta[c]pyrazol-1(2H)-yl]acetamide


分子量: 755.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H27ClF4N8O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.96 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.275M NaI, 7.5% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 11491 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 32.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.37→2.41 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 544 / CC1/2: 0.797 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VKV

6vkv


解像度: 2.37→36.07 Å / SU ML: 0.2607 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.2339
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 557 4.85 %
Rwork0.2114 10930 -
obs0.2125 11487 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→36.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1609 0 62 115 1786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00171720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.442352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.376633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.610.28531360.25552672X-RAY DIFFRACTION98.66
2.61-2.990.29571320.22132736X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.760.21531340.2152734X-RAY DIFFRACTION100
3.76-36.070.21241550.19352788X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53897944267-0.4531469388311.316757600983.701400871120.6905893644952.655567384210.02751295290150.05672547504440.236275177794-0.1410576343840.00182355393759-0.303532418378-0.1124380758760.140721800757-0.02029035053750.162597602106-0.0175998546310.02645833713440.2488417995660.01953206943120.314131582145-13.98433142317.086965701288.30033229075
20.2849201437970.43296004847-0.2223429197120.766493387930.2131565439322.92073479727-0.00107142733564-0.06782434659070.0260729860694-0.077802927699-0.03260278159260.165229869456-0.235448837864-0.2081268061570.06243575274870.222797564889-0.00558671974809-0.005220593332990.262623777515-0.04059936422280.22917939673-29.70377625328.460099314529.97764558208
32.475269402580.5759615036390.4501312759551.609121184250.8507995707282.83441985256-0.05420804909950.596125404585-0.0474473544796-0.431383036768-0.1004105972320.0625808363373-0.279065751306-0.3079597147190.132631662350.2189021702420.0194219511146-0.03533645125940.286022707594-0.002437561566350.240860972388-28.2651284288.47326524223-2.11224513649
41.738986554072.30975065720.02376506805133.592254658170.9963028357042.420537299240.16843532878-0.114536178511-0.06779713943120.147348760515-0.2166271865190.114541129525-0.0702732375203-0.1073657020450.01203726167170.2817315222450.0635676450992-0.01854966979250.2413673324810.007556921176210.269528459759-16.696299971731.336527370328.2400528742
54.381759394560.767008971098-2.572982478225.025295532762.119184062142.861815311670.200916171006-0.3363089223080.499547976576-0.060077309973-0.16420980191-0.262903006086-0.623073984648-0.04842459247330.01434651981830.332347380350.0105949357812-0.04052849604420.292447538766-0.03925430878760.401139696861-8.3856633996743.127588974727.09736505
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 48 )1 - 481 - 48
22chain 'A' and (resid 49 through 83 )49 - 8349 - 83
33chain 'A' and (resid 84 through 144 )84 - 14484 - 145
44chain 'A' and (resid 145 through 195 )145 - 195146 - 186
55chain 'A' and (resid 196 through 220 )196 - 220187 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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