PDB-7sne: Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sne

タイトル

Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD

要素

Pertussis toxin subunit 1

キーワード

TOXIN / TRANSFERASE / Whooping cough / Pertussis / pertussis toxin / S1 / ADP ribosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated activation of host G protein-coupled receptor signal transduction / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella pertussis (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.00010998749 Å

データ登録者

Littler, D.R. / Beddoe, T.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of pertussis toxin with NAD + and analogs provide structural insights into the mechanism of its cytosolic ADP-ribosylation activity.
著者: Sakari, M. / Tran, M.T. / Rossjohn, J. / Pulliainen, A.T. / Beddoe, T. / Littler, D.R.

履歴

登録	2021年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年5月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sne.cif.gz	513.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sne.ent.gz	386.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7sne_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sne_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7sne_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	7sne_validation.cif.gz	53.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7sne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7sne	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7skiC 7skkC 7skySC 7u6zC 7smy PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Pertussis toxin subunit 1

B: Pertussis toxin subunit 1

C: Pertussis toxin subunit 1

D: Pertussis toxin subunit 1

ヘテロ分子

85.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Pertussis toxin subunit 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Pertussis toxin subunit 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Pertussis toxin subunit 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Pertussis toxin subunit 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	34.685, 67.640, 71.625
Angle α, β, γ (deg.)	91.550, 90.215, 91.075
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Pertussis toxin subunit 1 / PTX S1 / Islet-activating protein S1 / IAP S1 / NAD-dependent ADP-ribosyltransferase 分子量: 20725.354 Da / 分子数: 4 / 変異: C41S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxA, BP3783 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: P04977, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-9XR / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylanilino)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) 分子量: 677.452 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₂H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.42 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M LiCl, 14% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→34.7 Å / Num. obs: 307206 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 6.67286052023 Å² / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1→1.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 112134 / R_pim(I) all: 0.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7SKY

7sky

解像度: 1.00010998749→34.6785802103 Å / SU ML: 0.121677591248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96032326264 / 位相誤差: 22.460495507
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218639017074	15527	5.05632064504 %	random selection
R_work	0.197165242002	291554	-	-
obs	0.198250617921	307081	87.3267433726 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.5177530941 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.00010998749→34.6785802103 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5751	0	180	756	6687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00775369176851	6295
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.19812470959	8648
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0826639926263	892
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00770377460823	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.6992617886	2343

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0002-1.0115	0.338825004554	497	0.318449488118	9394	X-RAY DIFFRACTION	84.4086021505
1.0115-1.0234	0.297549672252	535	0.291594470399	9693	X-RAY DIFFRACTION	86.8103887286
1.0234-1.0359	0.296421750606	530	0.280562001628	9606	X-RAY DIFFRACTION	86.9222193637
1.0359-1.049	0.283827819528	544	0.268150580937	9681	X-RAY DIFFRACTION	86.888171312
1.049-1.0628	0.254839274705	473	0.23836475291	9712	X-RAY DIFFRACTION	86.9992312292
1.0628-1.0773	0.273698037512	515	0.250519356712	9724	X-RAY DIFFRACTION	87.4455547015
1.0773-1.0927	0.228768058355	506	0.224368594997	9743	X-RAY DIFFRACTION	87.5533914232
1.0927-1.109	0.230020353819	502	0.215448636132	9807	X-RAY DIFFRACTION	87.8857630009
1.109-1.1264	0.246757725488	570	0.215296552584	9758	X-RAY DIFFRACTION	88.0777758827
1.1264-1.1448	0.216317193161	531	0.207399171117	9785	X-RAY DIFFRACTION	88.1558707913
1.1448-1.1646	0.251598058247	548	0.209510523732	9840	X-RAY DIFFRACTION	88.6802117125
1.1646-1.1858	0.223226497764	549	0.205520325025	9855	X-RAY DIFFRACTION	88.6427536849
1.1858-1.2086	0.221081243655	519	0.195371049986	9912	X-RAY DIFFRACTION	89.0625
1.2086-1.2332	0.231906254055	512	0.208774015817	9954	X-RAY DIFFRACTION	89.0193076465
1.2332-1.26	0.219872548895	494	0.208632870121	9999	X-RAY DIFFRACTION	89.6148262021
1.26-1.2894	0.226708745896	501	0.209103206417	9989	X-RAY DIFFRACTION	89.6581196581
1.2894-1.3216	0.217547329753	516	0.199586830351	10052	X-RAY DIFFRACTION	89.9557371467
1.3216-1.3573	0.219073504503	504	0.192745923735	10018	X-RAY DIFFRACTION	90.3175965665
1.3573-1.3973	0.23372183758	562	0.210385281561	10046	X-RAY DIFFRACTION	90.1810762561
1.3973-1.4424	0.220602338782	564	0.196446495086	10100	X-RAY DIFFRACTION	90.4879083581
1.4424-1.4939	0.197848391631	363	0.203787709188	6639	X-RAY DIFFRACTION	60.0308641975
1.4939-1.5538	0.225523469421	430	0.202177761973	8592	X-RAY DIFFRACTION	77.0847573479
1.5538-1.6245	0.204369560581	573	0.193799465901	10155	X-RAY DIFFRACTION	91.3409961686
1.6245-1.7101	0.222933976567	495	0.195466325395	10184	X-RAY DIFFRACTION	91.3984936666
1.7101-1.8172	0.220613692367	583	0.201473346445	10292	X-RAY DIFFRACTION	92.3253247305
1.8172-1.9575	0.220096221938	389	0.19917573584	7596	X-RAY DIFFRACTION	72.5909090909
1.9575-2.1545	0.228936147821	559	0.198977651549	9567	X-RAY DIFFRACTION	88.7000700771
2.1545-2.4662	0.225787063695	525	0.197100346727	9961	X-RAY DIFFRACTION	89.5703425301
2.4662-3.1069	0.196695063258	556	0.175481158605	10927	X-RAY DIFFRACTION	98.2292557742
3.1069-34.6	0.178243912009	582	0.157813259441	10973	X-RAY DIFFRACTION	98.5585124531

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.54816453752	0.194163603055	0.119883540961	1.91595620146	0.567192405801	0.908949548617	-0.0175324917926	0.00474176173939	0.0456805603665	-0.141182953769	-0.0106193325607	-0.00263300637371	-0.0473148631412	-0.0641114520767	0.0396562218508	0.0408975172388	0.000737500877272	0.0119334020928	0.0367403473994	-0.00303252953783	0.0289891997868	5.60959907335	28.9608506591	9.43820256789
2	1.08773435652	0.338185166163	-0.228728757799	2.86497117521	-1.06860985664	0.811962082462	0.00444873958354	-0.0934235506423	0.0180473257622	0.0823322807278	0.068350665972	0.233866206093	-0.0553200738791	-0.10827256819	-0.0593131794981	0.0366389872656	-0.000857332162467	0.00548038248357	0.0699604154277	-0.00504578882651	0.0512785476605	-6.88075742108	23.3749395991	17.6344981653
3	2.64985356765	-0.42962939589	0.887560218026	1.66448236397	-0.122015551315	1.29519742766	0.00359315723496	0.0546049098909	-0.132477015706	-0.0232139464015	0.0180566289591	0.173244844891	0.0725313773842	-0.131144241588	-0.00809771373295	0.03978275902	-0.0109038709341	0.00353801273828	0.0481549745345	-0.0015634996695	0.0343734166163	-4.1167658277	19.9318329753	15.2577548814
4	1.57519354095	0.293179153433	1.54610623268	2.53348842903	3.18761508534	6.25540226945	0.0315100936462	0.181007904895	-0.261701166737	-0.156014297597	0.0459436164124	-0.076205804476	0.313882461059	0.0335896798959	-0.0802711871669	0.135373351555	-0.0165138679617	0.0206580117079	0.0686290948928	-0.020323997456	0.0988127844209	7.50431432784	12.2297722351	3.11717407811
5	0.917759590479	-0.121595413647	-0.0174474688404	1.84806548697	1.55982363011	3.04747278308	-0.0131111285415	0.106629918382	-0.0769474048687	-0.120572198531	-0.0280613015034	3.68810212616E-5	0.0789091474613	-0.0683853041327	0.000225642240329	0.0707467794144	-0.0134029324425	0.00799589344545	0.0456214694002	-0.00283015686165	0.0429932355619	5.45331912352	23.683757377	5.89772731774
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 36 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 56 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 57 through 77 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 78 through 96 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 97 through 111 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 112 through 126 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 127 through 137 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 138 through 149 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 150 through 162 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 163 through 172 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 173 through 181 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 2 through 36 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 37 through 56 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 57 through 77 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 78 through 96 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 97 through 111 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 112 through 128 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 129 through 149 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 150 through 162 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 163 through 180 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 1 through 21 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 22 through 56 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 57 through 77 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 78 through 96 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 97 through 121 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 122 through 137 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and (resid 138 through 149 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'B' and (resid 150 through 162 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'B' and (resid 163 through 181 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 2 through 36 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 37 through 56 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 57 through 76 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 77 through 96 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 97 through 111 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 112 through 128 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 129 through 137 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 138 through 149 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'D' and (resid 150 through 162 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 163 through 172 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'D' and (resid 173 through 181 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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