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- PDB-7smh: Structure of SASG A-domain (residues 163-419) from Staphylococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7smh
タイトルStructure of SASG A-domain (residues 163-419) from Staphylococcus aureus
要素Surface protein G
キーワードCELL ADHESION / L-type lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species submerged biofilm formation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
E domain / E domain / Bacterial lectin / : / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide ...E domain / E domain / Bacterial lectin / : / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Atkin, K.E. / Whelan, F. / Brentnall, A.S. / Dodson, E.J. / Turkenburg, J.P. / Potts, J.R.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J005029/ 英国
British Heart FoundationFS/12/36/29588 英国
British Heart FoundationPG/17/19/32862 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Staphylococcal Periscope proteins Aap, SasG, and Pls project noncanonical legume-like lectin adhesin domains from the bacterial surface.
著者: Clark, L.C. / Atkin, K.E. / Whelan, F. / Brentnall, A.S. / Harris, G. / Towell, A.M. / Turkenburg, J.P. / Liu, Y. / Feizi, T. / Griffiths, S.C. / Geoghegan, J.A. / Potts, J.R.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2022年11月2日ID: 4CD9
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface protein G
B: Surface protein G
C: Surface protein G
D: Surface protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,10911
ポリマ－122,7634
非ポリマー3477
水6,251347
1
A: Surface protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7933
ポリマ－30,6911
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Surface protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7312
ポリマ－30,6911
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Surface protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8554
ポリマ－30,6911
非ポリマー1643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Surface protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7312
ポリマ－30,6911
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.210, 63.210, 273.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA164 - 41921 - 276
21ALAALABB164 - 41921 - 276
12GLUGLUAA164 - 41821 - 275
22GLUGLUCC164 - 41821 - 275
13ALAALAAA164 - 41921 - 276
23ALAALADD164 - 41921 - 276
14ALAALABB164 - 41921 - 276
24ALAALACC164 - 41921 - 276
15ALAALABB164 - 41921 - 276
25ALAALADD164 - 41921 - 276
16ALAALACC164 - 41921 - 276
26ALAALADD164 - 41921 - 276

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Surface protein G


分子量: 30690.693 Da / 分子数: 4 / 断片: A domain (UNP residues 144-423) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: sasG, SAOUHSC_02798 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G2B2
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.506
11K, H, -L20.494
反射解像度: 1.65→68.34 Å / Num. obs: 127888 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 6174 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7SIE

7sie


解像度: 1.65→57.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 1.637 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 6410 5.1 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
obs0.1875 120320 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.13 Å2 / Biso mean: 16.33 Å2 / Biso min: 2.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.64 Å2-0 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→57.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7878 0 16 354 8248
Biso mean--21.57 16.69 -
残基数----1022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0138111
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9171.64110885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.431.59316988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.46851028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.57224.486428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.921151365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5011528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21038
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.029550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021994
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A78000.14
12B78000.14
21A77730.15
22C77730.15
31A77780.15
32D77780.15
41B78450.14
42C78450.14
51B76380.16
52D76380.16
61C77180.15
62D77180.15
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 480 -
Rwork0.228 8642 -
all-9122 -
obs--96.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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