PDB-7smg: Crystal structure of a (p)ppApp hydrolase from Bacteroides caccae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7smg

タイトル

Crystal structure of a (p)ppApp hydrolase from Bacteroides caccae

要素

(p)ppApp hydrolase

キーワード

HYDROLASE / (p)ppApp hydrolase / Bacteroides caccae

機能・相同性

Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / GTP pyrophosphokinase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides caccae ATCC 43185 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ahmad, S. / Alexei, A.G. / Tsang, K.K. / Trilesky, S. / Kim, Y. / Whitney, J.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Identification of a broadly conserved family of enzymes that hydrolyze (p)ppApp.
著者: Ahmad, S. / Gordon, I.J. / Tsang, K.K. / Alexei, A.G. / Sychantha, D. / Colautti, J. / Trilesky, S.L. / Kim, Y. / Wang, B. / Whitney, J.C.

履歴

登録	2021年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	7smg_validation.pdf.gz	707.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/7smg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/7smg	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: (p)ppApp hydrolase

B: (p)ppApp hydrolase

C: (p)ppApp hydrolase

D: (p)ppApp hydrolase

ヘテロ分子

71 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.136, 144.136, 63.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	(p)ppApp hydrolase 分子量: 17556.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides caccae ATCC 43185 (バクテリア) 遺伝子: BACCAC_01146 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5ZE35
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.99 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.8 M Lithium chloride, 0.1 M Tris:HCl pH 8.5, 32% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97859 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97859 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 33605 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 47.48 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.39 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1567 / CC_1/2: 0.448 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.64 Å / SU ML: 0.2834 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.3732
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2345	1659	4.97 %
R_work	0.2014	31703	-
obs	0.203	33362	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4654	0	40	106	4800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4920
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5027	6638
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0352	756
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0027	863
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.2467	1904

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.37	0.3282	117	0.3031	2463	X-RAY DIFFRACTION	92.61
2.37-2.45	0.2884	124	0.2788	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.45-2.53	0.2802	156	0.2779	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.63	0.2855	130	0.2535	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.63-2.75	0.2703	176	0.256	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.75-2.9	0.2741	116	0.2313	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.08	0.29	115	0.2467	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.32	0.3129	133	0.2186	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.65	0.2659	134	0.2035	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-4.18	0.2079	172	0.1721	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-5.27	0.1971	162	0.1549	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
5.27-47.64	0.171	124	0.1762	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.19629499402	3.06295363232	3.63068356385	5.77836547895	5.34638091476	5.32979295186	-0.773280257548	-0.600034245556	1.38548171533	-1.78547144569	0.631990735316	0.480521600852	-0.516065612388	0.894831171563	0.153032519806	0.615598560667	-0.0626654530928	-0.0210036082127	0.455974346353	-0.0937090868985	0.534912430532	32.97	51.495	-4.859
2	7.83871152821	0.645963614916	-0.161659786054	2.11743114986	0.576843936412	5.938113303	-0.0273482328911	0.755065663557	1.15151796019	-0.621783009871	0.273355160476	1.08354165546	-0.257468014252	0.699866120272	-0.130055347188	1.04199025891	0.095117780343	-0.0508000631122	0.827507424382	-0.0047520971043	0.577031002419	29.614	61.614	-3.671
3	8.40292013018	6.12372127883	-1.96157772057	9.39746855035	-1.01445887792	6.01902043486	-0.369926389055	-1.70170088712	0.53529994764	0.231864996878	0.50087769183	0.949745512219	0.0865375100012	-0.584905844185	0.169237038081	0.430388051367	0.0898747071255	0.0557488874793	0.782317855995	-0.123773506209	0.494652011917	22.99	47.466	3.196
4	9.01913102382	0.636919403724	-0.200687231737	5.13154187048	-0.223960984771	6.21621840804	0.0184950556991	-0.20316087672	-0.0787422245764	0.50481969011	0.0146307948106	-0.24842362566	0.105166771445	-0.0185110814265	0.00621440536419	0.366317241312	-0.0385974410347	-0.0505192368111	0.353641912516	-0.179225579547	0.453244808476	50.196	46.015	13.187
5	3.42741531697	1.80645114631	5.35892965877	6.71137176531	2.74557210596	9.59216813095	0.0600541547799	0.335927881296	-0.291186852004	-0.170520143173	0.0658645537987	-0.33127611862	-0.349730520857	0.0447881746677	-0.0913740213239	0.287946013919	-0.0386523322835	0.0713741691936	0.477895975663	-0.215972838416	0.586931336671	57.139	52.255	11.886
6	4.64058229666	-1.71339862818	2.49879457587	4.81637036178	-4.7989928959	4.97658881912	-0.751670743508	-0.807271147497	1.96159536729	0.825523801774	0.88443402348	-1.63566430921	-0.599903086453	0.0737370029688	-0.0553086051172	0.351723141604	-0.0716818750544	0.0521818052194	0.504432126522	-0.23892036826	0.70058730371	55.551	62.512	8.736
7	6.70989396303	3.35751332365	2.18565464862	6.70702786851	0.0393070553736	1.268530595	0.10259428423	-0.115989200509	0.221857932619	-0.132205405729	-0.117127074935	0.173727523307	-0.390615517857	-0.171508585812	0.000262643939342	0.517777819098	0.0471020726454	0.0610630974641	0.492029263813	-0.129085816487	0.339560521442	42.09	58.749	1.943
8	6.69371400636	-0.935945698515	-2.35651535298	4.53342352863	4.50916832324	4.94810945872	-0.0907616137728	0.402407080827	0.535782200685	-0.530576577718	0.159203648138	0.129670792766	0.334836391379	0.0464186821361	-0.00140904055075	0.458299903026	-0.001322018382	0.00747726581001	0.450083019559	0.0216070303378	0.339382689586	36.515	47.079	-25.987
9	4.80054887917	2.50038624088	1.93559931099	9.76908016556	-1.56933758692	5.15795949687	0.303527420004	-0.0262838879216	-0.0164437854752	-0.0221341392723	-0.475707524255	-0.0272188377033	0.797747441844	0.0723151949667	0.368422670285	0.446589278421	0.0718327960022	0.133425677216	0.400813564107	-0.00540134101701	0.280460985311	43.854	38.996	-17.906
10	2.63829015876	0.257189654659	1.77338645558	6.51531836174	-1.06923636149	8.11890558093	0.0671658204297	1.05209785767	0.270660627468	-1.33915189793	0.15258862867	-0.335291245683	0.0660819916854	0.161638241425	-0.161858422121	0.532487344565	0.0838742268361	0.216857779293	0.53456619667	0.0736389973987	0.479069246733	48.281	47.331	-29.722
11	1.83960401417	-0.796629665135	0.459531308712	2.74910066793	-2.16577753928	1.96937306827	-0.0379837325589	0.272533738021	0.164875325995	-0.559870290361	-0.109635240498	-0.731183735021	0.424544383669	0.182753011086	0.101294494295	0.420400771512	0.0686403232958	0.179994510723	0.403359318836	-0.0154107354374	0.474909756198	56.347	37.501	-17.396
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13	8.99761459071	1.70812367924	1.22337510862	4.65072366926	-2.52077544328	4.36104261589	0.0503912571962	-0.549554433423	0.423934567681	0.426203576204	0.261661572575	-0.264395283871	0.190233550005	0.182392882744	-0.294882976062	0.546249546558	0.0355679610374	-0.0362462660308	0.358710085912	-0.129381265879	0.377321578609	49.09	35.758	14.046
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15	6.02374662599	-1.50260888408	-0.351770110957	9.12123427442	0.477096864075	7.10825609757	-0.0132556185878	0.0773716824041	-0.299988810586	-1.02378991083	0.233809075598	0.67805452967	0.0604605654842	-0.324936239562	-0.131089832396	0.293309945026	-0.0232195450757	-0.00194563266532	0.48730862943	-0.0437959036394	0.257787574239	30.393	38.993	-20.878
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21	5.76029649192	0.0179306384117	-2.28694359785	8.28222124898	1.3398511104	5.52844419604	-0.0715824127358	-0.934742629995	-0.903486069504	0.647613452292	-0.0698216008707	0.445693382409	0.620542816013	-0.789880302833	0.174395326301	0.357899538112	-0.0734393207487	0.0562404815328	0.648897628309	0.0768899161719	0.439733415268	21.349	38.638	-2.22

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN D AND RESID 114:119 )	D	114 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN D AND RESID 120:125 )	D	120 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN D AND RESID 126:144 )	D	126 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 4:40 )	A	4 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 41:72 )	A	41 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 73:89 )	A	73 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 90:143 )	A	90 - 143
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 2:18 )	B	2 - 18
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 19:51 )	B	19 - 51
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 52:81 )	B	52 - 81
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 82:124 )	B	82 - 124
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 125:145 )	B	125 - 145
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 1:40 )	C	1 - 40
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 41:144 )	C	41 - 144
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 3:29 )	D	3 - 29
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 30:52 )	D	30 - 52
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 53:62 )	D	53 - 62
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 63:72 )	D	63 - 72
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 73:82 )	D	73 - 82
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 83:89 )	D	83 - 89
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 90:113 )	D	90 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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