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- PDB-7sky: Pertussis toxin S1 bound to NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sky
タイトルPertussis toxin S1 bound to NAD+
要素Pertussis toxin subunit 1
キーワードTOXIN / TRANSFERASE / Whooping cough / Pertussis / pertussis toxin / S1 / ADP ribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated activation of host G protein-coupled receptor signal transduction / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Pertussis toxin subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37000129415 Å
データ登録者Littler, D.R. / Beddoe, T. / Pulliainen, A. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of pertussis toxin with NAD + and analogs provide structural insights into the mechanism of its cytosolic ADP-ribosylation activity.
著者: Sakari, M. / Tran, M.T. / Rossjohn, J. / Pulliainen, A.T. / Beddoe, T. / Littler, D.R.
履歴
登録2021年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Pertussis toxin subunit 1
A: Pertussis toxin subunit 1
C: Pertussis toxin subunit 1
D: Pertussis toxin subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,12712
ポリマ－82,9664
非ポリマー3,1618
水12,232679
1
B: Pertussis toxin subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5323
ポリマ－20,7411
非ポリマー7902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Pertussis toxin subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5323
ポリマ－20,7411
非ポリマー7902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Pertussis toxin subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5323
ポリマ－20,7411
非ポリマー7902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Pertussis toxin subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5323
ポリマ－20,7411
非ポリマー7902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.600, 68.250, 71.670
Angle α, β, γ (deg.)90.730, 90.270, 91.450
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Pertussis toxin subunit 1 / PTX S1 / Islet-activating protein S1 / IAP S1 / NAD-dependent ADP-ribosyltransferase


分子量: 20741.420 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxA, BP3783 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P04977, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.68 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M KI

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→71.7 Å / Num. obs: 124642 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 9.05511472041 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.37→1.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 13351 / CC1/2: 0.703 / Rpim(I) all: 0.34

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PRT

1prt


解像度: 1.37000129415→24.6012684719 Å / SU ML: 0.144158047756 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9781522464 / 位相誤差: 23.0379162467
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224258567421 6148 4.93605131952 %Random selection
Rwork0.201996339423 118405 --
obs0.203125348054 124553 90.3854806171 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.9331529187 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37000129415→24.6012684719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5705 0 180 679 6564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01599335824976040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16412913438251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087030633469849
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006325103063391091
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.62978422922121
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.371-1.38560.271841767915890.2620993195372456X-RAY DIFFRACTION54.4734589041
1.3856-1.40190.2731363839881260.2668429594392572X-RAY DIFFRACTION59.1926283458
1.4019-1.4190.2835639329951340.2532509524742863X-RAY DIFFRACTION65.8970976253
1.419-1.43690.2659002124051740.2537606867783391X-RAY DIFFRACTION76.6831576683
1.4369-1.45580.2565777457771900.2572058979973934X-RAY DIFFRACTION90.3593339176
1.4558-1.47580.2759125815461730.2576949087414072X-RAY DIFFRACTION92.6047120419
1.4758-1.49680.2761306331642390.2390634506054050X-RAY DIFFRACTION93.5033791149
1.4968-1.51920.2780232056131800.2400794837424125X-RAY DIFFRACTION93.3839479393
1.5192-1.54290.2503676832272260.2251161214954033X-RAY DIFFRACTION93.1539807524
1.5429-1.56820.2335647768242500.2196534999394086X-RAY DIFFRACTION93.9341421144
1.5682-1.59530.2513163804941830.2204363851444073X-RAY DIFFRACTION93.5179081521
1.5953-1.62430.2342392668741930.215754175644148X-RAY DIFFRACTION94.2261775559
1.6243-1.65550.2347153029672390.2114475110614132X-RAY DIFFRACTION94.2432082794
1.6555-1.68930.2707668567092160.209661593754054X-RAY DIFFRACTION94.1358024691
1.6893-1.7260.2442667334562390.2044821789484157X-RAY DIFFRACTION94.578313253
1.726-1.76610.237216669351990.2011875732634093X-RAY DIFFRACTION94.7461368653
1.7661-1.81030.2360523956772170.2012293203394180X-RAY DIFFRACTION94.5591397849
1.8103-1.85920.2232195072571800.199669902714116X-RAY DIFFRACTION94.5214521452
1.8592-1.91390.229186073572440.2015807468164159X-RAY DIFFRACTION95.2617914323
1.9139-1.97570.2227915700412400.1953431102024084X-RAY DIFFRACTION94.9494949495
1.9757-2.04620.2306504823522370.194228685184199X-RAY DIFFRACTION95.2340060112
2.0462-2.12810.1966532548292060.1940855628714124X-RAY DIFFRACTION95.185755111
2.1281-2.22490.2032628911152570.1831581838234127X-RAY DIFFRACTION95.3250706675
2.2249-2.34210.2263431468442440.1931073247414165X-RAY DIFFRACTION95.5777151528
2.3421-2.48870.2169305793762270.1947609913724162X-RAY DIFFRACTION95.600087127
2.4887-2.68070.2437626698722570.2052229683074163X-RAY DIFFRACTION96.0451977401
2.6807-2.950.2024732108941240.2027904677374248X-RAY DIFFRACTION95.7302386687
2.95-3.3760.2097639362682370.1894483271054162X-RAY DIFFRACTION95.9851625573
3.376-4.24980.194417367681510.1749497808024247X-RAY DIFFRACTION95.4634252225
4.2498-24.50.2016973716352770.1933058708224030X-RAY DIFFRACTION93.8957924569
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46353490121-0.324810932313-0.2094832886942.2761841561-0.1144592016811.246680723220.03858908458060.02501745754260.0552484278781-0.183778194969-0.01182336939910.0105248038718-0.0655561104655-0.0667165685478-0.01129117215340.050575127954-0.001981318337990.01178268051720.05000242480940.005972588275680.03743954882412.60427677206-5.12835332386-25.5735663468
22.547687167030.05476504343590.06047935592441.17484803601-0.1628157305491.080644486690.0583238870508-0.108704405878-0.224913767473-0.02211579466350.03239850432410.1967044678060.159818554621-0.200186797733-0.0731591015730.0756335858705-0.0254723751572-0.01151798229010.09322548291360.02175871171960.0848069562724-8.51426876269-12.2584022125-19.0109470724
34.78448654284-0.1224477008860.9015369390795.854023229642.991412871925.72856932569-0.01949617767380.336754896107-0.371372661574-0.4169359759960.00778117157792-0.1755043255080.445092739976-0.0733398776345-0.0628660851350.201808863531-0.03520498771180.04731525456830.08577549256250.01323669454870.08742520525584.63071248452-21.5651707388-31.6041640686
42.24787274215-0.510686664887-0.8397118408091.03345118371-0.9417951240141.524241093420.05415140554990.273808394608-0.157113527129-0.4202472413580.01524638607670.008398380084250.1428553351060.0621402440282-0.04832724172240.1607919729670.0174105907534-0.01205186123170.04590732040080.001546470436110.04298213543062.11675777962-11.1510991818-30.4548329267
52.364208865212.52385912408-1.702975716893.16837532222-2.441263989073.519914566520.03584619982110.01324794094890.05689253753230.0568263503918-0.02950128900270.149601395802-0.00551707580779-0.0960978741307-0.008746968004550.04530518218280.0002955327438820.004880877733810.0702389926603-0.001008008392240.0516850191141-5.08796453264-13.8977804655-5.94932754087
62.00949745691-1.940885395810.9464207910383.510057308220.7508990718312.569486331430.0300083366989-0.139380143254-0.018013285460.1451989557030.06202298801110.3788682941380.250182667148-0.374188247989-0.01636146385750.108702823861-0.0306758787640.01119589658140.1099108900570.0124468552790.115061075005-2.41823295155-24.1286164576-5.99948896045
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2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 22 through 56 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 57 through 76 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 77 through 96 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 97 through 111 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 112 through 126 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 127 through 149 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 150 through 162 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 163 through 180 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1 through 21 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 22 through 56 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 57 through 76 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 77 through 83 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 84 through 96 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 97 through 111 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 112 through 137 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 138 through 149 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 150 through 162 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 163 through 180 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1 through 56 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 57 through 83 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 84 through 111 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 112 through 180 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 1 through 56 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 57 through 96 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 97 through 111 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 112 through 126 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 127 through 162 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 163 through 180 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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