PDB-7skh: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC16-17

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7skh

タイトル

Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC16-17

要素

Cadherin-23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.265 Å

データ登録者

Sudar, J.C. / Sandhu, J.S. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC16-17
著者: Sudar, J.C. / Sandhu, J.S. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2021年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7skh.cif.gz	178.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7skh.ent.gz	138.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7skh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wjmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cadherin-23

B: Cadherin-23

ヘテロ分子

50.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.861, 90.861, 170.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Cadherin-23 / Otocadherin 分子量: 25183.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M MMT pH 9.0 25% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.265→50 Å / Num. obs: 34006 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 22.3 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 30.5
反射シェル	解像度: 2.265→2.31 Å / 冗長度: 12.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1478 / CC_1/2: 0.777 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WJM

5wjm

解像度: 2.265→48.267 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.252 / WR_factor R_work: 0.209 / SU B: 10.962 / SU ML: 0.139 / Average fsc free: 0.9114 / Average fsc work: 0.9292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2517	1654	4.996 %
R_work	0.2087	31451	-
all	0.211	-	-
obs	-	33105	97.242 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.786 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.531 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.531 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.061 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.265→48.267 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3270	0	6	104	3380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.014	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.585	1.651	4687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.235	1.577	7352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.912	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.614	21.809	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.16	15	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.577	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.092	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.086	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.277	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.456	3.232	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.455	3.23	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.209	4.835	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.208	4.838	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.73	3.47	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.729	3.472	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.761	5.128	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.76	5.131	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.431	37.021	3426
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.4	36.925	3414

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.265-2.324	0.347	118	0.291	2006	X-RAY DIFFRACTION	86.2713
2.324-2.388	0.332	111	0.274	2187	X-RAY DIFFRACTION	95.2736
2.388-2.457	0.313	120	0.242	2169	X-RAY DIFFRACTION	98.2825
2.457-2.533	0.305	109	0.228	2129	X-RAY DIFFRACTION	98.5035
2.533-2.616	0.271	101	0.215	2072	X-RAY DIFFRACTION	98.1925
2.616-2.707	0.282	118	0.212	1981	X-RAY DIFFRACTION	98.3138
2.707-2.809	0.25	100	0.208	1952	X-RAY DIFFRACTION	99.2263
2.809-2.924	0.279	101	0.209	1900	X-RAY DIFFRACTION	99.5027
2.924-3.054	0.254	101	0.212	1810	X-RAY DIFFRACTION	99.687
3.054-3.203	0.235	104	0.221	1714	X-RAY DIFFRACTION	99.8901
3.203-3.376	0.302	82	0.24	1694	X-RAY DIFFRACTION	99.8875
3.376-3.58	0.296	81	0.241	1573	X-RAY DIFFRACTION	99.8792
3.58-3.827	0.243	63	0.207	1502	X-RAY DIFFRACTION	99.8724
3.827-4.132	0.244	68	0.183	1406	X-RAY DIFFRACTION	99.7969
4.132-4.526	0.185	52	0.166	1295	X-RAY DIFFRACTION	98.8261
4.526-5.058	0.165	56	0.158	1174	X-RAY DIFFRACTION	98.6367
5.058-5.836	0.212	52	0.176	1004	X-RAY DIFFRACTION	95.7389
5.836-7.138	0.286	50	0.226	830	X-RAY DIFFRACTION	91.1917
7.138-10.056	0.195	43	0.186	653	X-RAY DIFFRACTION	91.3386
10.056-48.267	0.307	24	0.272	400	X-RAY DIFFRACTION	89.8305

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.627	-1.6275	-0.3884	12.8782	4.685	4.4734	-0.2786	-0.7429	0.6362	1.3922	1.2426	-2.4497	0.1478	0.8667	-0.964	0.2105	0.1394	-0.2953	0.478	-0.4356	0.591	46.02	3.078	47.42
2	5.9166	2.2489	2.8549	1.9805	2.1663	4.1989	-0.0569	0.2799	0.0316	-0.1617	0.0388	0.065	-0.0264	-0.0206	0.0181	0.0383	-0.0052	0.0042	0.0276	-0.0061	0.026	18.455	-20.528	14.194
3	13.2882	-0.2593	7.0363	2.7993	-2.2146	6.6666	1.0375	-1.7766	-2.0706	0.5132	-0.032	-0.2487	0.646	-0.6631	-1.0055	0.4603	-0.1848	-0.4083	0.4018	0.4301	0.8653	70.088	-47.92	48.105
4	4.4035	-0.4013	2.5618	2.6998	-2.3907	5.2407	0.1781	0.1833	-0.5359	-0.2831	-0.0684	-0.2786	0.2454	0.1151	-0.1097	0.0367	0.0143	0.0132	0.0699	-0.0592	0.1399	41.099	-29.324	10.608

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1608 - 1714
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1901 - 1902
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	1715 - 1822
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	1903
5	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	1607 - 1714
6	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	1902 - 1903
7	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	1715 - 1832
8	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	1901

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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