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万見
- PDB-7sjl: Solution NMR Structure of Immunoglobulin-like Domain of Human Neu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sjl
タイトルSolution NMR Structure of Immunoglobulin-like Domain of Human Neuregulin-1
要素Neuregulin-1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / HEPARAN-SULFATE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


ERBB3 signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / sequestering of metal ion / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / ventricular cardiac muscle cell differentiation / positive regulation of striated muscle cell differentiation / negative regulation of secretion / animal organ development / endocardial cell differentiation ...ERBB3 signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / sequestering of metal ion / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / ventricular cardiac muscle cell differentiation / positive regulation of striated muscle cell differentiation / negative regulation of secretion / animal organ development / endocardial cell differentiation / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / neural crest cell development / cardiac muscle cell myoblast differentiation / cell communication / PI3K events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell differentiation / mammary gland development / chemorepellent activity / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / ErbB-3 class receptor binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / ERBB signaling pathway / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / ERBB2 Regulates Cell Motility / Long-term potentiation / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / SHC1 events in ERBB4 signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Signaling by ERBB2 / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / activation of protein kinase B activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / cytokine activity / transcription coregulator activity / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / growth factor activity / wound healing / positive regulation of protein-containing complex assembly / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor tyrosine kinase binding / Downregulation of ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / integrin binding / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / cell population proliferation / receptor ligand activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell differentiation / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neuregulin, C-terminal / Neuregulin-1 / Neuregulin / Neuregulin intracellular region / EGF-like domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. ...Neuregulin, C-terminal / Neuregulin-1 / Neuregulin / Neuregulin intracellular region / EGF-like domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-neuregulin-1, membrane-bound isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Eletsky, A. / Kim, Y. / Rogals, M.J. / Prestegard, J.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127267 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM134335 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Validated determination of NRG1 Ig-like domain structure by mass spectrometry coupled with computational modeling
著者: Khaje, N.A. / Eletsky, A. / Biehn, S.E. / Mobley, C.K. / Rogals, M.J. / Kim, Y. / Mishra, S.K. / Doerksen, R.J. / Lindert, S. / Prestegard, J.H. / Sharp, J.S.
履歴
登録2021年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuregulin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3501
ポリマ－13,3501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Neuregulin-1 / Acetylcholine receptor-inducing activity / ARIA / Breast cancer cell differentiation factor p45 / ...Acetylcholine receptor-inducing activity / ARIA / Breast cancer cell differentiation factor p45 / Glial growth factor / Heregulin / HRG / Neu differentiation factor / Sensory and motor neuron-derived factor


分子量: 13350.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRG1, GGF, HGL, HRGA, NDF, SMDF / プラスミド: pET-21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02297

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C CT-HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C CT-HSQC aromatic
141isotropic13D (HACA)CONH
151isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D HBHA(CO)NH
181isotropic13D (H)CCH-COSY aromatic
171isotropic13D (H)CCH-COSY aliphatic
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY aliphatic
1131isotropic13D 1H-13C,15N NOESY
1122isotropic13D HNCO
1112isotropic13D CBCA(CO)NH
2103isotropic12D 1H-13C CT-HSQC methyl

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution12.0 mM [U-13C; U-15N] NRG1-Ig, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4 uM DSS, 0.05 % w/w sodium azide, 93% H2O/7% D2ONC_sample193% H2O/7% D2O
solution20.45 mM [U-13C; U-15N] NRG1-Ig, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4 uM DSS, 0.05 % w/w sodium azide, 93% H2O/7% D2ONC_sample293% H2O/7% D2O
solution30.34 mM [5% 13C; U-15N] NRG1-Ig, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 5 uM DSS, 0.05 % w/w sodium azide, 93% H2O/7% D2ONC5_sample93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.0 mMNRG1-Ig[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
4 uMDSSnatural abundance1
0.05 % w/wsodium azidenatural abundance1
0.45 mMNRG1-Ig[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
4 uMDSSnatural abundance2
0.05 % w/wsodium azidenatural abundance2
0.34 mMNRG1-Ig[5% 13C; U-15N]3
20 mMTRISnatural abundance3
300 mMsodium chloridenatural abundance3
5 uMDSSnatural abundance3
0.05 % w/wsodium azidenatural abundance3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mMPBS_pH6_56.5 1 atm298 K
2300 mMTRIS_pH7_57.5 1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: 1.7 mm TCI cryogenic probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
ASDP1Huang, Mao, Xu and Montelionestructure calculation
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichchemical shift assignment
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichpeak picking
TopSpin4Bruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOS-NShen and Baxデータ解析
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: refined in explict water bath using PARAM19 force field
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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