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- PDB-7sit: Crystal structure of Voltage gated potassium ion channel, Kv 1.2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sit
タイトルCrystal structure of Voltage gated potassium ion channel, Kv 1.2 chimera-3m
要素
  • Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
  • Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / OXIDOREDUCTASE / Ion channel / C-type inactivation / Voltage gated Potassium ion channel / Chimera
機能・相同性
機能・相同性情報


pinceau fiber / regulation of action potential / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / NADPH oxidation / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / juxtaparanode region of axon ...pinceau fiber / regulation of action potential / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / NADPH oxidation / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / regulation of potassium ion transmembrane transport / myoblast differentiation / Neutrophil degranulation / neuromuscular process / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel regulator activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / voltage-gated potassium channel complex / axon terminus / postsynaptic density membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / cytoskeleton / neuron projection / axon / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / OXYGEN ATOM / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Reddi, R. / Matulef, K. / Riederer, E.A. / Whorton, M.R. / Valiyaveetil, F.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM087546 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for C-type inactivation in a Shaker family voltage-gated K + channel.
著者: Reddi, R. / Matulef, K. / Riederer, E.A. / Whorton, M.R. / Valiyaveetil, F.I.
履歴
登録2021年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
C: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
D: Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,01311
ポリマ－192,3534
非ポリマー1,6597
水00
1
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)388,05724
ポリマ－384,7078
非ポリマー3,35016
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area35550 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area110090 Å2
手法PISA
2
C: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
D: Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

C: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
D: Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

C: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
D: Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

C: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
D: Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,99320
ポリマ－384,7078
非ポリマー3,28612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area35470 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area109570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.587, 129.587, 278.482
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-501-

K

21B-502-

K

31B-503-

O

41D-501-

K

51D-502-

K

-
要素

#1: タンパク質 Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / K(+) channel subunit beta-2 / Kv-beta-2


分子量: 37353.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnab2, Ckbeta2, Kcnb3 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: P62483, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: タンパク質 Voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1


分子量: 58823.617 Da / 分子数: 2
Mutation: L15H, C31S, C32S, N207Q, W362F, S367T, V377T, C435S, C482S
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水


分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 50 mM Tris, pH 8.5, 28-32% PEG400, CHAPS / PH範囲: 8.3-8.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月5日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→49.16 Å / Num. obs: 35720 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.9 % / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.54 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3.32→3.51 Å / Num. unique obs: 4588 / CC1/2: 0.54

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2R9R

2r9r


解像度: 3.32→49.159 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2893 1818 5.09 %
Rwork0.2509 33902 -
obs0.2529 35720 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 299.21 Å2 / Biso mean: 126.359 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.32→49.159 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10341 0 101 0 10442
Biso mean--62.41 --
残基数----1300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3201-3.40980.34471380.36248997
3.4098-3.51010.42391180.3576253198
3.5101-3.62340.39941410.3532255699
3.6234-3.75290.34751420.31122548100
3.7529-3.90310.33421360.2842257599
3.9031-4.08060.27321540.25342560100
4.0806-4.29560.31091370.22232586100
4.2956-4.56460.28261480.20942603100
4.5646-4.91670.22951340.19732614100
4.9167-5.4110.24041230.20142654100
5.411-6.19260.24891460.23352650100
6.1926-7.7970.27221480.25782676100
7.797-49.150.2931530.2544286099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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