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- PDB-7shp: Crystal structure of hSTING in complex with c[2',3'-(ribo-2'-G, x... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7shp
タイトルCrystal structure of hSTING in complex with c[2',3'-(ribo-2'-G, xylo-3'-A)-MP](RJ244)
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / STING / agonist / cGAMP analogs
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / autophagosome membrane / antiviral innate immune response / positive regulation of macroautophagy / cellular response to organic cyclic compound / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / secretory granule membrane / cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / peroxisome / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / protein complex oligomerization / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9UR / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xie, W. / Lama, L. / Yang, X.J. / Kuryavyi, V. / Nudelman, I. / Glickman, J.F. / Jones, R.A. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)AI141507 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Arabinose- and xylose-modified analogs of 2',3'-cGAMP act as STING agonists.
著者: Xie, W. / Lama, L. / Yang, X. / Kuryavyi, V. / Bhattacharya, S. / Nudelman, I. / Yang, G. / Ouerfelli, O. / Glickman, J.F. / Jones, R.A. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2021年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
C: Stimulator of interferon genes protein
D: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4456
ポリマ－86,0974
非ポリマー1,3492
水3,315184
1
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7233
ポリマ－43,0482
非ポリマー6741
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Stimulator of interferon genes protein
D: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7233
ポリマ－43,0482
非ポリマー6741
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.611, 131.109, 78.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 21524.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, TMEM173 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-9UR / (2S,5R,7R,8R,10S,12aR,14R,15R,15aR,16R)-7-(2-amino-6-oxo-3,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-14-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2,10,15,16-tetrahydroxyoctahydro-2H,10H,12H-5,8-methano-2lambda~5~,10lambda~5~-furo[3,2-l][1,3,6,9,11,2,10]pentaoxadiphosphacyclotetradecine-2,10-dione


分子量: 674.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium formate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.92 Å / Num. obs: 37181 / % possible obs: 97.96 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 35.44 Å2 / CC1/2: 0.975 / CC star: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1293 / Rpim(I) all: 0.07236 / Rrim(I) all: 0.1485 / Net I/σ(I): 17.84
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.4505 / Mean I/σ(I) obs: 5.74 / Num. unique obs: 3649 / CC1/2: 0.745 / CC star: 0.924 / Rpim(I) all: 0.07236 / Rrim(I) all: 0.1485 / % possible all: 96.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4loh

4loh


解像度: 2.2→29.92 Å / SU ML: 0.3059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.0455
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 1836 4.99 %
Rwork0.2073 34929 -
obs0.2094 36765 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5666 0 90 184 5940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00415881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74527981
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0447874
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.33932178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.37221350.30652657X-RAY DIFFRACTION96.24
2.26-2.330.34081120.28222657X-RAY DIFFRACTION96.85
2.33-2.40.32681420.24592664X-RAY DIFFRACTION98.08
2.4-2.490.26611350.23342701X-RAY DIFFRACTION98.47
2.49-2.590.28421480.22862691X-RAY DIFFRACTION97.56
2.59-2.70.28211320.22192684X-RAY DIFFRACTION99.4
2.7-2.850.3031620.23262740X-RAY DIFFRACTION99.18
2.85-3.020.3111550.22952690X-RAY DIFFRACTION98.96
3.02-3.260.28791270.21792698X-RAY DIFFRACTION98.67
3.26-3.580.2541580.20782672X-RAY DIFFRACTION98.16
3.59-4.10.22181680.18032651X-RAY DIFFRACTION97.11
4.1-5.160.18861340.16592722X-RAY DIFFRACTION98.69
5.16-29.920.20211280.19582702X-RAY DIFFRACTION96.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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