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万見
- PDB-7shj: Crystal structure of Acinetobacter baumannii ZnuA in the metal-fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7shj
タイトルCrystal structure of Acinetobacter baumannii ZnuA in the metal-free state
要素Zinc ABC transporter solute-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / zinc / solute-binding protein / ABC transporter / host-pathogen / ZnuA
機能・相同性metal ion transport / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / metal ion binding / Zinc ABC transporter solute-binding protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Luo, Z. / McDevitt, C.A. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FL180100109 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1180826 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Structural and biochemical characterization of Acinetobacter baumannii ZnuA.
著者: Alquethamy, S. / Ganio, K. / Luo, Z. / Hossain, S.I. / Hayes, A.J. / Ve, T. / Davies, M.R. / Deplazes, E. / Kobe, B. / McDevitt, C.A.
履歴
登録2021年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc ABC transporter solute-binding protein
B: Zinc ABC transporter solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0893
ポリマ－64,0662
非ポリマー231
水3,441191
1
A: Zinc ABC transporter solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0562
ポリマ－32,0331
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Zinc ABC transporter solute-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0331
ポリマ－32,0331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.519, 45.606, 97.659
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Zinc ABC transporter solute-binding protein


分子量: 32033.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: G3N04_06260, G3N12_05260, G3N53_14455, GY141_09205
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B2IEQ3
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M cirtate pH 7.0, 30% (v/v) polyethylene glycol 6000, and 1 M LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→45.55 Å / Num. obs: 27410 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 34.29 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.13→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / Num. unique obs: 2701 / CC1/2: 0.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model generated by alphaFold2

解像度: 2.13→45.55 Å / SU ML: 0.2779 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.1005
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 1403 5.12 %
Rwork0.2302 26005 -
obs0.2314 27408 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→45.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3757 0 1 191 3949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01493836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.81275207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0102667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.59121406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.210.33921460.30462555X-RAY DIFFRACTION99.82
2.21-2.290.27241460.29272581X-RAY DIFFRACTION99.67
2.29-2.40.31041460.27372605X-RAY DIFFRACTION99.6
2.4-2.530.32211150.26942575X-RAY DIFFRACTION99.3
2.53-2.680.27311440.2632578X-RAY DIFFRACTION99.34
2.68-2.890.30921410.25482591X-RAY DIFFRACTION99.78
2.89-3.180.25841440.23872580X-RAY DIFFRACTION99.82
3.18-3.640.23321280.22012620X-RAY DIFFRACTION99.67
3.64-4.590.2171440.19142626X-RAY DIFFRACTION99.71
4.59-45.550.22531490.20812694X-RAY DIFFRACTION99.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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