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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sh2 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the yeast Rad24-RFC loader bound to DNA and the open 9-1-1 clamp | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA damage repair / Rad24-RFC / 9-1-1 clamp / DNA clamp / alternative clamp loader / DNA damage signaling / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 checkpoint clamp complex / meiotic recombination checkpoint signaling / DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity ...checkpoint clamp complex / meiotic recombination checkpoint signaling / DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / recombinational repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / protein kinase activator activity / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / mismatch repair / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' exonuclease activity / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / DNA repair / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zheng, F. / Georgescu, R. / Yao, Y.N. / O'Donnell, M.E. / Li, H. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: DNA is loaded through the 9-1-1 DNA checkpoint clamp in the opposite direction of the PCNA clamp. 著者: Fengwei Zheng / Roxana E Georgescu / Nina Y Yao / Michael E O'Donnell / Huilin Li / 要旨: The 9-1-1 DNA checkpoint clamp is loaded onto 5'-recessed DNA to activate the DNA damage checkpoint that arrests the cell cycle. The 9-1-1 clamp is a heterotrimeric ring that is loaded in ...The 9-1-1 DNA checkpoint clamp is loaded onto 5'-recessed DNA to activate the DNA damage checkpoint that arrests the cell cycle. The 9-1-1 clamp is a heterotrimeric ring that is loaded in Saccharomyces cerevisiae by Rad24-RFC (hRAD17-RFC), an alternate clamp loader in which Rad24 replaces Rfc1 in the RFC1-5 clamp loader of proliferating cell nuclear antigen (PCNA). The 9-1-1 clamp loading mechanism has been a mystery, because, unlike RFC, which loads PCNA onto a 3'-recessed junction, Rad24-RFC loads the 9-1-1 ring onto a 5'-recessed DNA junction. Here we report two cryo-EM structures of Rad24-RFC-DNA with a closed or 27-Å open 9-1-1 clamp. The structures reveal a completely unexpected mechanism by which a clamp can be loaded onto DNA. Unlike RFC, which encircles DNA, Rad24 binds 5'-DNA on its surface, not inside the loader, and threads the 3' ssDNA overhang into the 9-1-1 clamp from above the ring. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sh2.cif.gz | 492.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sh2.ent.gz | 383.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sh2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sh2_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sh2_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7sh2_validation.xml.gz | 70.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sh2_validation.cif.gz | 105.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/7sh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/7sh2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25122MC 7sgzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AF
#1: タンパク質 | 分子量: 75823.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RAD24, YER173W, SYGP-ORF60 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32641 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 50407.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS4067, PACBIOSEQ_LOCUS4215, SCNYR20_0004029900, SCP684_0004029500 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTK1 |
-Replication factor C subunit ... , 4種, 4分子 BCDE
#2: タンパク質 | 分子量: 36201.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC4, YOL094C, O0923 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40339 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 38254.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC3, YNL290W, N0533 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38629 |
#4: タンパク質 | 分子量: 39794.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC2, YJR068W, J1808 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40348 |
#5: タンパク質 | 分子量: 39993.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC5, YBR087W, YBR0810 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38251 |
-DNA damage checkpoint ... , 2種, 2分子 GH
#7: タンパク質 | 分子量: 45637.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RAD17, YOR368W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P48581 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 69787.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: DDC1, YPL194W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08949 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#9: DNA鎖 | 分子量: 6136.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#10: DNA鎖 | 分子量: 12214.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 9分子
#11: 化合物 | ChemComp-AGS / #12: 化合物 | ChemComp-MG / #13: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 302403 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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